В течение нескольких веков становления и развития российской государственности таможенную функцию реализовывали пограничные и боевые суда и береговые команды. Ряд специалистов считает началом таможенной истории России Боярский приговор о сторожевой и станичной службе от 16 февраля 1571 г.38. В 1584 г. в устье Северной Двины был заложен торговый порт Архангельск с первой в России портовой таможней, заработавшей в 1586 г.39 (на штатной основе – в 1724 г.).
Голландские, шведские и английские купцы и промышленники в интересах своих компаний и правительств пытались проникнуть на Печору, в Сибирь, к устьям Оби и Енисея и далее ради сведений о северных морских путях и дорогах через арктические моря в Китай и Индию. Царь Михаил Федорович в 1619 г. указал каждое лето выставлять заставы («острожки») для прикрытия морского пути в Сибирь и выявления устремлений иноземцев. То был первый шаг русского правительства по созданию таможенной охраны морских рубежей.
В ходе Северной войны 25 июня 1701 г. шведская эскадра адмирала Эрика Шеболанда из четырех–семи судов (828 человек, 127 пушек) под руководством командора К. Х. Лёве под видом торговой флотилии вошла в Белое море. У Лёве был приказ шведского короля уничтожить Новодвинскую крепость, город Архангельск и строившиеся российские суда, верфи, склады, вооружение и боеприпасы. В устье Северной Двины передовой фрегат шведов захватил ладью с таможенным толмачом Архангельского таможенного поста Дмитрием Поповым и кормщиком морского рыболовного судна Николаевского Корельского монастыря Иваном Седуновым (Рябовым). Их заставили вести корабли к крепости и к Архангельску. Седунов и Попов посадили на мель передовой фрегат и яхту (остальные суда шведы успели остановить). Шведы расстреляли архангелогородцев, но тяжелораненый Седунов бросился в море и выжил. После тринадцати часов боя гарнизон крепости захватил полузатопленные фрегат и яхту. То была первая победа русского оружия на море в Северной войне.
В конце XVII – начале XVIII в. Россия вышла к берегам Балтийского и Черного морей и готовилась к активной морской торговле, с 1703 г. Петр I начал развивать таможенную охрану на море. Более века эти функции успешно выполняли речные и морские боевые флотилии. В портах России завели небольшие гребные суда для доставки таможенных чиновников на прибывшие купеческие корабли. Их деятельностью (как и всей таможенной деятельностью) с 1718 г. руководила Коммерц-коллегия.
В 1724 г. были изданы Морской торговый регламент и Устав, что упростило процедуру пропуска кораблей в порт. В том же году были учреждены Архангельская (во втором ярусе Немецкого гостиного двора) и Кольская портовые таможни. Открыли портовые таможни в Риге, Выборге, Нарве, Ревеле (Таллине) и Астрахани.
В 1724 г. с созданием портовой таможни Санкт-Петербурга Петр I в п. 19 инструкции Коммерц-коллегии потребовал «иметь таможенныя яхты съ служители для всякихъ отправленiй купеческихъ делъ».
Важным шагом в развитии морской таможни и первым навигационным актом России стал Морской пошлинный регламент, или Устав, утвержденный Анной Иоанновной 3 марта 1731 г. Он состоял из 5 глав и 99 статей и подробно разъяснял процедуру прибытия судов в порты России и отбытия их из портов. Пункт I Устава гласил: «Все приходящiя и уходящiя моремъ, какъ вышнiя такъ и нижнiя персоны безъ выбору, а наiпаче купцы и корабельщики (...) повинны о себе известiе давать какъ во время приезду въ Российскiя порты, такъ и въ отъезды изъ техъ портовъ (...) и ради того все приезжiя корабли и другiя суда должны немедленно одного человека съ таможенной яхты къ себе на корабль взять и съ собой до самой оной, въ которой они о себе известить имеютъ, ихъ весть, а буде кто сего чинить не будетъ, или противность сему покажетъ, съ такихъ брать штрафу пятьдесятъ ефимковъ». Таким образом, понятие «таможенная яхта» начало входить в служебный оборот.
11 сентября 1732 г. голландский купец И. Ф. Тиммерман был назначен главным бухгалтером таможни порта Санкт-Петербург, став первым бухгалтером в России.
22 сентября (10 октября) 1746 г. Правительствующий Сенат повелел указом: «дабы не могли корабельщики и прочiя всякаго званiя люди съ кораблей и прочихъ судовъ и пакетботовъ, прежде прихода своего до Кронштадта потаенно товаровъ своiхъ безпошлинно спускать изъ Кронштадта за море, беспошлинно жъ и безъ аттестатовъ отпускать, надлежитъ необходимо въ силу объявленныхъ Коммерцъ-Коллегiи инструкцiи и морскихъ пошлинныхъ регламентовъ учредить за Кронштадтомъ более военной брантвахты таможенную яхту, купя оную изъ Адмиралтейства за настоящую цену съ надлежащими флагами и съ прочею, яко то въ такелаже и въ якоряхъ состоящую принадлежностью изъ таможеннаго пошлиннаго сбора, которая бъ имела крейсировать и до Березовыхъ острововъ, и быть на этой яхте всегда неотлучно на время ярмарки изъ таможенныхъ одному гавенмейстеру и досмотрщикамъ не менее какъ десяти, да солдатамъ изъ Кронштадтскаго гарнизона двенадцати человекъ для исправленiя навигацiи изъ морскихъ офицеровъ мичману, имевшему на той же яхте вымпелъ (...) и по тому сигналу (пушечный выстрелъ) должны те корабли и пакетботы и прочiя суда, немедленно къ той яхте пришедъ, остановиться, на которыя ему, таможенному гавенмейстеру, вшедъ и осмотри все люки и другiя принадлежащiя къ тому места съ товарами и пассажирской кладью или которыя будутъ и порожнiя, хотя и съ одним балластомъ – запечатать, и поставя на каждое судно надсмотрщика и солдата, отправлять до Кронштадтской портовой таможни; которой, въ отправленiи съ С.-Петербургомъ, поступать по морскому пошлинному регламенту и по указамъ».
После подписания 20 декабря 1753 г. Елизаветой Петровной указа «Об уничтожении внутренних таможенных и мелочных сборов» необходимость в речных таможенных судах на внутренних реках отпала, их оставили только на границах. В 1754–1755 гг. в связи с ликвидацией внутренних таможен открыли десять портовых таможен.
Екатерина II 20 ноября 1763 г. в инструкции Б. Х. Миниху писала: «Какъ первая предосторожность состоiтъ здешнему порту Кронштадтская таможня, того ради какъ въ оную, такъ и на брандвахту определить достойныхъ служителей и велеть всякiя суда досматривать съ совершенною верностью, а чтобъ отъ Кронштадта до Санкт- Петербурга въ пути съ кораблей товаровъ потаенныхъ на берегъ свозимо не было. Сенатъ Адмиралтействъ-коллегий, чтобы морскимъ служителямъ никакого въ досмотрахъ препятствiя не чинили, – подвергать наистрожайшему наказанiю».
27 сентября 1782 г. Екатерина II подписала указ «Об учреждении особой таможенной цепи и стражи для отвращения потаенного провоза товаров», который гласил: «Употребляемыя до сего времени средства къ уменьшенiю потаеннаго провоза товаровъ черезъ границы наши къ удобнейшему открытiю таковыхъ покушенiй не были къ тому достаточно, большая же часть оныхъ обращалась единственно въ напрасный казне убытокъ и въ тягость людей на стражу посылаемыхъ». Указ в числе других мер предлагал: «Въ техъ местахъ, где будутъ на границе реки или озера, смотря по обстоятельствамъ и надобности, имеютъ по одному или более гребныхъ небольшихъ и легкихъ судовъ для употребленiя къ лучшему наблюденiю по усмотренiю таможенныхъ пограничныхъ надзирателей». Внедрение системы растянулось до 1798 г.
12 апреля 1785 г. указом государыни генерал-губернатору Санкт-Петербурга «О устройстве таможенной стражи в Санкт-Петербургской губернии» стражу пополнили 35 таможенными надзирателями, 2 таможенниками и 48 объездчиками. Для выполнения служебных задач им выделили 14 катеров или барказов и 6 четырехвесельных судов.
Указ Коммерц-коллегии от 14 июня 1810 г. отменил Санкт-Петербургский таможенный присмотр. Но в 1810 г. именно таможня Санкт-Петербурга ходатайствовала перед Коммерц-коллегией о: 1) постройке трех шестивесельных и трех четырехвесельных катеров за 1155 руб. и 2) найме на период навигации гребцов на катера девятнадцати дистанций за 2472 руб. 32 1⁄2 коп. Ходатайство одобрили, сократив дистанции до четырнадцати.
24 июня 1811 г. было учреждено Таможенное управление по Европейской торговле, обязывавшее главные таможни содержать на реках и морях вооруженные катера и шлюпки.
В 1812 г. начальник Санкт-Петербургского таможенного округа просил: а) купить большую двенадцативесельную шлюпку, одежду для квартирмейстера и нанять 12 гребцов за 2550 р.; б) вместо трех (один шестивесельный и два четырехвесельных) катеров – купить четырехвесельные шлюпку и лодку, три шестивесельных катера за 4189 руб. 40 коп.; в) Финляндскому посту Березоостровского (бывшего Выборгского) таможенного присмотра оставить шестивесельную шлюпку и малую лодку. В ответе на ходатайство от 5 июня 1812 г. упоминаются покупка шлюпки и шести судов, починка старых судов и наем гребцов за 10401 руб.
«Таможенный устав по Европейской торговле» от 14 декабря 1819 г. уже не упоминал о таможенных яхтах, только о военных брандвахтах и катерах и шлюпках на море и реках, «которыя могутъ быть вооружены». Итак, еще до создания морской таможенной стражи в России было немало сделано для развития таможенного контроля на воде. Уровень реализации таможенной функции в России по сравнению с зарубежными морскими державами был достаточно высоким. Пожалуй, только Франция и Англия опережали Россию в развитии береговой охраны, а США во многом находились на одном уровне с Россией.