Хатха-йога, так же, как и любые физические упражнения имеет свои противопоказания. Ниже приведены некоторые из них:
Уджайн - противопоказано лицам с повышенной активностью щитовидной железы, а так же с повышенным кровяным давлением.
Бхуджангасана - людям с гиперфункцией щитовидной железы (с увеличенной железой) не следует поднимать высоко и откидывать голову назад.
Джанурасана - нельзя применять в случае повышенной активности щитовидной железы или излишнего разрастания какой-либо эндокринной железы.
Сиршасана - повышенное давление нужно снизить другими упражнениями Хатха-йоги.
Халасана - с не гибким позвоночником начинать осторожно.
Наули - выполнять очень осторожно людям, страдающим хроническим колитом, аппендицитом и гипертонией. Это упражнение противопоказано мальчикам и девочкам, не достигшим половой зрелости.
Так же все перевернутые упражнения противопоказаны женщинам во время критических дней.