Февраль 2035 года. После битвы за Д-6 Артём ушёл из Ордена и женился на Анне, а её отец, полковник Мельник, передвигающийся при помощи протезов, сконструированных Андреем «Мастером», продолжает восстанавливать боевую силу Ордена. Артём всё чаще вспоминает тот момент, когда он стоял на вершине Останкинской телебашни и направлял ракеты на логово Чёрных, он слышал по радио позывные. Артём предполагает, что сигнал доносился не из Москвы, и что за пределами сгинувшей столицы России выжили люди. Главный герой совершает множество вылазок на поверхность, в надежде поймать сигнал вне города, однако с каждым разом из его радиопередатчика доносятся одни лишь помехи. Артём не оставляет попыток связаться с выжившими за пределами столицы, о чём с презрением относятся к его затее Анна и Мельник, абсолютно уверенные в том, что кроме жителей московского метро больше никто не остался в живых на планете.
Москва
Во время очередной вылазки на поверхность Артём натыкается на большую стаю стражей и отбиваясь от них, получает тяжёлые ранения. От стражей Артёма спасают бойцы отряда Спарты (Князь, Дамир, Алёша, Идиот) и доставляют на ВДНХ, где в лазарете переливают кровь протагонисту. Артём приходит в себя и видит Анну. Анна уговаривает своего мужа о прекращении совершать безрезультатные вылазки, потому что он по любви ей слишком дорог, чтобы так глупо умереть, и говорит ему о планах переноса места жительства в Полис. Артём встречается с Мельником и полковник настаивает на словах Анны и на том, что за пределами московского метро нету никаких признаков жизни, а авантюрные походы Артёма к высоткам города отрицательно сказываются на его здоровье как ввиду атак со стороны мутантов и головорезов, так и высокой радиации. Между прочем, полковник готов принять Артёма обратно в Орден. Чуть позже Артём видит лечащего врача. Врач говорит ему, что его вытащили с того света и что в следующий раз, скорее всего, вытащить его не удастся, а так же о том, что люди отдают свою кровь Артёму, в которой могут нуждаться другие раненые. Артём выходит из лазарета и встречает, включая своих спасителей, Степана, Токарева и Сэма. Они приветствуют главного героя в дружеской обстановке. Их командир, полковник Мельник, приказывает отряду спартанцев ожидать дальнейших распоряжений.
Неделю спустя Артём, ослушавшись полковника, снова отправляется на вылазку, взяв с собой Анну. Радиопередатчик снова выдаёт лишь помехи. Аня и Артём выдвигаются обратно на ВДНХ, попутно нарываясь на стаи стражей. Вдруг они встречают движущийся по железнодорожному пути паровоз и поражаются данному факту, учитывая что тот регион помечен всеми как "Запретная зона". В этот момент подъезжает фургон с солдатами Ганзы, которых герои принимают за своих, из Ордена, и, в надежде настигнуть поезд, садятся в него. Ганзейцы с попутчиками поступают недружелюбно: они связывают их, после чего направляются туда же, куда и паровоз: в Щербинку. В грузовике Артём и Анна встречаются с бабушкой и молодым парнем, которые рассказывают им о том, что они приехали в Москву из деревни в поисках отца парня. Анна говорит Артёму, что он оказался прав по поводу выживших за пределами столицы. Вскоре грузовик останавливается и солдат приказывает двоим приезжим выйти из него. Артём, смекая что к чему, пытается помешать казни, однако солдат стреляет в Артёма и приезжих, все они проваливаются в яму, и лишь по счастливой случайности Артём остаётся в живых (жетон Хантера остановил пулю).
Снова по счастливой случайности в яме Артём находит противогаз и аптечку, это спасает ему жизнь во второй раз. Пробираясь дальше, он видит тот самый паровоз, выбирается из ямы через трубу и попадает в депо. Через вентиляционную вытяжку протагонист видит в помещении двух солдат Ганзы и избитого машиниста паровоза — Ермака, которого заточили сюда за то, что он задаёт солдатам-ганзейцам неудобные вопросы и слишком много себе позволяет. После того, как солдаты покидают комнату, Артём вылезает из вентиляции, однако сначала Ермак принимает его за Стража, но вскоре замечает, что это человек. Ермак узнаёт в нём того, о ком говорила Анна. Ермак соглашается помочь Артёму в том, чтобы вытащить Аню. Чтоб Артёма не заметили в депо, машинист отвлекает солдат Ганзы и даёт Артёму советы. Далее Артём выдвигается в командный центр, где солдаты держат Анну. Артём врывается в центр и вырубает связиста вместе с офицером. Командир пытается вырвать у Артёма оружие и шальными выстрелами уничтожает приборы. Анна и Артём берут под прицел командира и успокаивают его. Командир объясняет им, что они вывели из строя устройство подавления радиосигналов, то есть «глушилки», и намекает им, что теперь за такой поступок их точно никто не простит. На вопрос Анны, зачем скрывать Москву от остального пережившего войну мира, он отвечает, что мировая война продолжается и что они специально построили «глушилки» и устроили полное радиомолчание по всей Москве, чтобы противник не решил, что там всё ещё подаются признаки жизни и не нанёс повторный удар по Москве. В это время на звук выстрелов в штабе выдвигается штурмовая группа солдат Ганзы, а Ермака связывают, до выяснения обстоятельств. Кроме того, от некоторых солдат на уровне можно услышать, что все приезжающие в Москву расстреливаются, так как они все подозреваются в шпионаже в пользу врага.
Далее Артём возвращается в депо и освобождает Ермака, который сразу же прыгает в паровоз, чтобы привести его в движение. А Артёму с Аней нужно повернуть платформу, на которой стоит поезд. Они пробираются в рубку управления, но прибывшие для их поимки солдаты отключают генератор, и платформу придётся поворачивать вручную. Спустившись к вентилю, они поворачивают платформу и захватывают паровоз, но сразу же после выезда из депо их настигает группа зачистки. Этой группой оказывается отряд знакомых Артёму спартанцев во главе с Мельником, а также двое офицеров Ганзы. Случается словесная потасовка, в ходе которой выясняется что Артём и Анна совершили непростительный со стороны Комитета обороны Москвы поступок, и им теперь за это однозначно грозит расстрел. Ради спасения Артёма и Анны, полковник, жертвуя своей репутацией и положением в иерархии Ордена и Наблюдателей, решается на дезертирство, уехать с Артёмом и Анной из Москвы на паровозе, но бойцы Мельника не бросают своих людей, и говорят, что поедут вместе с ними. Мельник соглашается. Выкинув с борта офицеров Ганзы, они отправляются в путь.
Однако их паровоз настигает боевой состав Ганзы во главе с Яковом Борисовичем — командиром группы ганзейского коммандос, который приказывает предателям немедленно остановить паровоз и сдаться. Ганзейцы открывают предупредительный огонь по дезертирам в надежде на сиюминутное выполнение приказа и ранят Алёшу в плечо. Группа Мельника выясняет, что единственный способ уничтожить боевой поезд и оторваться от них — проникнуть в состав, поставить рядом с котлом вражеского паровоза взрывчатку и подорвать на расстоянии. Сделать это вызывается Князь, однако Мельник поручает это задание Артёму. Паровоз сбавляет ход, а Артём перепрыгивает и пробирается внутрь поезда Ганзы, нейтрализует находящихся там противников, пробирается к котлу паровоза, ставит взрывчатку, возвращается к своим и производит детонацию взрывчатого устройства. Поезд ганзейцев взрывается, и группа спартанцев вместе с Анной и Артёмом успешно покидают Москву.
Зима
Уже значительно отдалившись от столицы, группа убеждается в том, что здешний радиационный фон находится в пределах нормы и теперь можно свободно дышать на поверхности без противогаза, однако всем верится в это с трудом. Группа переговаривается друг с другом о дальнейших планах и о возможном возвращении в Москву. Полковник отговаривает группу, что совершили уже достаточно поступков, чтобы никогда не вернуться туда: их всех там несомненно ждёт смертная казнь за предательство. По приказу Мельника Артём через радиоприёмник ловит сигнал по позывному «Ковчег» из бункера в Ямантау и голос диктора сообщает координаты местонахождения бункера. Полковник объясняет всем, что единственный шанс на прощение — связаться и договориться с уцелевшим правительством, которое находится на Урале в бункере у горы Ямантау (проект «Ковчег»). Группа даёт паровозу имя «Аврора» («в честь богини утренней зари и крейсера») и начинает свой нелёгкий путь к Ямантау.
Волга
Март 2035 года. Паровоз беглецов подъезжает к мосту через реку Волга. Анна беседует с Артёмом, как вдруг она на железнодорожных путях замечает впереди людей. Они открывают огонь по «Авроре» и уходят. Паровоз своим ходом крушит лежащие на путях баррикады и из-за этого он ломается и останавливается. Мельник предполагает, что это были иностранные оккупанты, хотя Степан говорит, что они были без формы, в ватниках. Из-за поломки паровоза, полковник отправляет на разведку Артёма и Анну в замеченную группой церковь, остальным бойцам приказывает занять оборонительные позиции. Токарев даёт протагонисту рюкзак для собирания пригодных в использовании материалов.
Артём и Анна замечают опору ЛЭП и выдвигаются туда. Они замечают лодку, Артём садится в неё и плывёт до церкви, тем временем Анна занимает позицию на опоре. Артём доплывает до церкви и замечает Силантия — лидера секты Электроборцев, проповедующего о том, что причина проявления всех грехов кроется в технологиях и электричестве. Артём попадает в ловушку и выходит из лодки. В заточённой башне главный герой находит Катю и её дочь Настю. Катя просит Артёма как можно скорее уходить из церкви, так как церковь окружают вооружённые сектанты и явно не с дружескими намерениями. Артём находит пришвартованную лодку и уходит отсюда. Анна по рации говорит Артёму, что она уже забрала Катю и Настю и доставила их на «Аврору». Артёма с берега замечает Князь, которого послал Мельник для разъяснения обстановки. По возвращению на берег, на Артёма набрасывается «Царь-рыба» — огромный мутировавший сом, являющийся божеством у Электроборцев, и разносит в щепки его лодку. Артёма выбрасывает на берег.
После разговора с Князем, главный герой возвращается к группе спартанцев. На момент возвращения Артёма, Мельник спрашивает Катю о том, находились ли тут оккупационные войска, на что она отвечает отрицательно. Полковник передаёт протагонисту информацию, услышанную от Кати, о том что в паре километров к югу отсюда, в порту, живёт механик, кличущий Крестом, который сможет помочь в починке паровоза. Мельник приказывает Артёму прийти к нему и попросить о помощи починить вместе с Ермаком сломанную «Аврору», и также предложить ему присоединиться к команде.
На крыше ангара Артём наталкивается на стаю враждебных к нему зверолюдей и не без помощи Креста отбивается от них. На подъёмнике протагонист встречается с Крестом, и механик беседует с ним по душам, что, впрочем, намекая на соглашение присоединиться к группе Мельника.
По пути назад на «Аврору», Артём слышит голос полковника по рации: просит вместе с Дамиром и Сэмом найти Анну. Степан говорит, что она ушла на разведку района с 200-метровыми антеннами. Артём направляется туда и находит яму, ведущую в подвал, который наполнен газом. Главный герой проваливается туда и находит полуживую Анну с приступами кашля. Артём надевает на неё противогаз и обыскивает подвал в поисках способа открыть ворота. Артём подаёт электричество и открывает ворота. Подоспевшие сюда Сэм и Дамир находят Анну и отводят её на «Аврору».
Артём возвращается на стоянку группы для обсуждения с полковником что делать дальше. Крест уже находится там. Мельник рассказывает Артёму, что можно пересечь мост сектантов без штурма, если пробраться в баржу торгового каравана и под видами торговцев попытаться опустить секцию моста, главное — дождаться прихода баржи торговцев. Степан возражает Мельнику оставлять здесь вместе с сектантами Катю и Настю, но полковник говорит, что места на паровозе им не хватит. Анна предлагает доставить и прицепить к паровозу вагон, находящийся в депо, о котором говорит Катя. Крест говорит, что в терминале есть собственная дрезина, способная перетащить вагон к паровозу. Мельник соглашается с возникшим планом и посылает Артёма за дрезиной. Крест даёт протагонисту предохранитель к дрезине, чтобы его завести.
Артём при помощи лодки добирается до терминала и ищет дрезину, попутно нарываясь на зверолюдей. В конце концов, он находит дрезину, вставляет в неё предохранитель, открывает ворота и на дрезине приезжает к депо — лагерю бандитов. После стычки с бандитами, Артём прицепляет вагон к дрезине и доставляет состав на «Аврору».
В этот момент в порт прибывает караван торговцев. Сэм, Князь, Идиот и Анна уже готовы штурмовать баржу и взять живым капитана судна. Анна разъясняет Артёму суть плана: он может шумно или тихо захватить корабль. В любом случае Князь, Крест и Артём берут буксир вместе с капитаном и держат курс на мост.
По прибытию на мост, Крест отвлекает охрану и Артём и Князь незаметно забираются туда. Их цель — пробраться на самый вверх, в храм сектантов, и с помощью пульта управления опустить секцию моста. Вскоре, Артём и Князь добираются и встречают там Силантия. В зависимости от набранных очков морали Силантий либо добровольно соглашается опустить мост и мирно пропустить состав «Авроры» (тогда Артём вместе с Князем прыгают на крышу мчащегося вагона и без перестрелок уезжают отсюда), либо Силантий проклинает их и забьёт бойцам тревогу (тогда как только главный герой самостоятельно опускает мост и Князь оглушит Силантия, Князя ранят, Артём один прыгает на крышу вагона, а сам Князь погибает). Так или иначе, группа Мельника через опущенный мост покидает Волжский перевал.
Весна
Полковник вызывает к себе Артёма и вместе обсуждают запись переговоров между самим полковником и командованием бункера Ямантау. Мельник сообщает, что его там встретит министр обороны.
Ямантау
Май 2035 года. Поезд спартанцев подъезжает к правительственному бункеру. Из-за повышенного радиационного фона, Мельник отдаёт бойцам приказ ехать дальше к бункеру на впереди идущей дрезине. «Аврора» высаживает бойцов и отходит в безопасную зону, Степан остаётся там за старшего. Дрезина останавливается у ворот бункера. На связь с ними через громкоговоритель выходит министр обороны. Полковник объясняет министру, что остальные люди остались на поезде. Полковник назначает Артёма и Анну в качестве сопровождающих во время встречи, Сэма и Идиота оставляет у дрезины вместе с Крестом.
Полковник, Артём и Анна прибывают на встречу у наблюдательного окна и чуть позже они осознают: это ловушка. На них нападают обезумевшие солдаты. Они связывают их и доставляют к министру. Пленники вскоре осознают, что все выжившие в бункере со временем превратились в людоедов. Во время заготовки к столу министр требует полковнику привести сюда остальных людей на дрезине и поезде, тоже на съедение. Солдаты уводят Анну на проведение анализов перед «ужином», поскольку министра насторожил её кашель. Через некоторое время появляются Сэм и Идиот и спасают Артёма вместе с Мельником. Они отбиваются от стаи свихнувшихся людоедов и поднимаются на лифте. Полковник приказывает бойцам как можно скорее найти его дочь Анну.
Бойцы понимают, что по структуре здешний бункер идентичен бункеру Д-6 и, как следствие, смогут в нём легко ориентироваться. Мельник приказывает бойцам разделиться по отсекам бункера в поисках Анны. Артём уходит в медицинский отсек и казарменную часть и пробирается там с боем. В этот самый момент группа Мельника захватывает командный центр. Вскоре Артём находит и освобождает Анну, министр застаёт врасплох Артёма. Анна хватает министра и убивает его. Анна и Артём встречаются с Мельником и Идиотом в командном центре. Идиот на компьютере находит информацию о центрах спутниковой связи на Каспийском побережье и в Новосибирске. Группа вместе с Сэмом, отбиваясь от каннибалов, уезжает из бункера на дрезине.
На «Авроре» Мельник жалеет о том, что всерьёз воспринял легенду о подчинении московского метро ставке верховного главнокомандующего в Ямантау. Понимая, что в Москву им теперь точно не вернуться, группа принимает решение поселиться в нетронутом войной и радиацией месте.
