В предвоенные годы шла серьезная идеологическая и военная подготовка молодежи к защите родины. На это были направлены многие мероприятия, проводимые правительством и коммунистической партией, в том числе создание многочисленных кружков и секций: стрелковых, парашютных, авиационных. В Московском инженерно-экономическом институте работали курсы для подготовки студентов по военным специальностям – летчиков, парашютистов, медицинских сестер; некоторое время существовала военная кафедра, готовившая офицеров запаса.
В первой половине 1941 года институт жил обычной жизнью: студенты учились и «закрывали» экзаменационную сессию, выпускники защищали свои дипломы. При поступлении в институт абитуриенты сдавали в июне экзамены по математике, русскому языку и литературе, географии и истории народов СССР. По результатам вступительных экзаменов на первый курс дневного отделения в 1941 году в МИЭИ было принято 308 обучающихся, а на вечернее отделение – 59.
А 22 июня началась война. В первые же недели значительное число студентов и преподавателей были призваны на фронт, многие пошли добровольцами. В Бауманском районе, где располагался тогда МИЭИ, была создана 7-я дивизия народного ополчения. Ее костяк составили преподаватели, студенты, аспиранты и сотрудники МИЭИ, а также других московских ВУЗов и простые москвичи. В первый раз с противником 7-я дивизия народного ополчения столкнулась на Ржевско-Вяземском рубеже, где ей противостояли отборные части вермахта. Солдаты смогли остановить нацистские войска, но при этом потеряли 2/3 личного состава, в числе которых были преподаватели и учащиеся МИЭИ.
10 октября 1941 года из добровольцев института были сформированы два взвода, которые пополнили ряды 3-й Московской коммунистической дивизии. Полки дивизии встали на последнем рубеже обороны столицы вдоль Ленинградского шоссе от Химок до Солнечногорска. Сплоченность людей перед лицом общего врага, готовность самоотверженно защищать свою страну дали долгожданный результат – в битве под Москвой германские войска потерпели первое серьезное поражение с начала Второй мировой войны.
Однако во время Великой Отечественной войны учебный процесс в МИЭИ не прекращался. В эти годы в институте по-прежнему работали факультеты по подготовке специалистов самых важных производственных отраслей народного хозяйства. Были дополнительно открыты энергетический и авиационный факультеты.
Кроме того, студенты и преподаватели работали на строительстве оборонительных сооружений на дальних подступах к Москве, на лесозаготовках, торфоразработках. А в связи с нехваткой продовольствия им пришлось организовать и своё подсобное хозяйство в ближайшем Подмосковье.
В новом 1942-43 учебном году был объявлен дополнительный набор на вновь открытую специальность «финансирование капитального строительства». А в 1943 году благодаря открытию новой специальности инженера-экономиста авиационной промышленности и началом подготовки финансистов для строительства общий набор был значительно увеличен. Для более основательной подготовки абитуриентов в институте с апреля 1943 года начали работать подготовительные курсы.
В 1944 году в МИЭИ открывается энергетический факультет. Его открытие связано с именем известного учёного, одного из авторов знаменитого государственного плана электрификации России (ГОЭЛРО), академика Глеба Кржижановского. В составе факультета были образованы три кафедры: экономики энергетики и организации энергетического хозяйства, промышленной энергетики и тепловых установок, электрических станций и систем.
Таким образом, Московский инженерно-экономический институт не только внес свой вклад в защиту нашей страны, но и принимал активное участие в реализации различных программ и заданий по восстановлению народного хозяйства, разрушенного войной.
Великая отечественная война закончилась в мае 1945 года. Однако ее последствия были чудовищны. Страна понесла огромные потери среди населения. Были разрушены пути сообщения, промышленная и сельскохозяйственная инфраструктура была уничтожена более чем на 70%. Специалисты западных стран предсказывали восстановление СССР через 25, а то и 50 лет.
Однако вопреки всем трудностям, практически сразу после войны значительно оживилась научно-исследовательская работа. Например, с 1946 года кафедра экономики, планирования и организации производства химической промышленности, включившись в тематику АН СССР, взялась за разработку проблемы «Промышленно-экономическое исследование развития производства искусственного жидкого топлива в Германии». Здесь ясно видно влияние войны, попытка понять, как Германия решала проблему нехватки бензина, как далеко она продвинулась в создании другого типа топлива.
Параллельно ученые занимались экономическими вопросами, вплоть до новых способов ведении бухгалтерии. Перспективный план научных исследований на 1946-1950 гг. предусматривал разработку тем общегосударственного значения. Это, к примеру, «Основные факторы снижения себестоимости продукции промышленности в СССР», «Технико-экономические показатели основных конструкций зданий и методы снижения себестоимости».
