Николай Михайлович Тихомиров занимался также строительством собора Александра Невского в Новосибирске. Однако в городе память о нём до сих пор не увековечена.
Инженер-путеец Николай Михайлович Тихомиров был назначен руководителем строительства железнодорожного моста через реку Обь. За постройку храма он позднее был удостоен ордена Святой Анны. 17 октября 1900 года в возрасте 43 лет Николай Михайлович Тихомиров скончался и был похоронен у стен Невского собора, который строил.
Была установлена гранитная плита с золотыми буквами: «Здесь покоится прах строителя храма сего Тихомирова Николая Михайловича (1857 – 1900)». В начале 1970-х рабочие коммунальной службы копали траншею под кабель. Тогда и был обнаружен склеп с останками знаменитого инженера во дворе храма. Его останки были перезахоронены на Заельцовском кладбище.
4 ноября 2006 года рядом с собором на Красном проспекте был установлен памятный знак. Именем Тихомирова назван только небольшой разъезд недалеко от станции Чулымской.
Как напомнил на своей странице в соцсетях общественник Иван Квасницкий, в 2020 году велись общественные обсуждения об установке бюста, которые однако ничем не закончились. Память о человеке, который строил мост через Обь и собор Александра Невского в Новосибирске, до сих пор не увековечена.