Главным преимуществом СБП является уменьшенный размер комиссии. При приеме безналичной оплаты через банковский терминал комиссия составляет 2,0-2,5%. Стандартный размер комиссии при оплате по СБП равен 0,7%. Издержки на проведение транзакции снижаются в 4-5 раз. Ставка комиссии является фиксированной, она не зависит от суммы покупки и оборотов магазина.
Для некоторых категорий бизнеса действует льготная комиссия в размере 0,4%. Она установлена для розничных магазинов, которые специализируются на продаже товаров первой необходимости, а также для аптек и торговцев БАДами.
До 1 июля 2022 года государство компенсирует малому и среднему бизнесу расходы на комиссию. Компенсация будет зачислена на счет автоматически, без подачи заявления. Но возврата денег на счет придется ожидать до 32 рабочих дней.
При оплате покупок через СБП деньги почти мгновенно поступают на счет магазина. Зачисление денег на счет происходит за 10-15 секунд. При платежах через банковский терминал деньги могут зачислиться на счет через несколько часов или в течение 2-3 дней. Наличие кассового разрыва осложняет управление финансами и ведение отчетности.