Как не странно, название это вовсе не исконно русское. А пришедшее к нам из Византии. Давным-давно. Сейчас расскажу подробности.
На самом деле, тут ничего связанного с якобы малым ростом тамошних жителей нет. Термин Малая Русь (Малая Рутения) возник у византийцев в конце XIII-го столетия, когда патриарх Всея Руси перебрался из разоренного Киева во Владимир. А в юго-западном Галиче в 1303-м году константинопольский патриарх Афанасий основал отдельную митрополию. Для окормления тамошних верующих.
Тогда-то и появился в Византии термин Малая Русь (Μικρὰ ̔Ρωσσία - Микра Рутения). Чтоб удобнее было отличать от Руси Большой, Великой. Той, что со столицей во Владимире.
Постепенно термин Малая Русь начал широко применяться не только к южной русской митрополии. Но и ко всей южной Руси. Королями Малой Руси начали звать себя в письмах даже галицкие князья.
В XIV-XV вв термин Микра Рутения попал и собственно в русский московский оборот. В виде кальки Малая Русь. У нас так начали звать оккупированную литовцами, поляками да татарами Южную Русь.
Названием Малая Русь в XVII-XVIII вв начала широко пользоваться русская московская администрация, имея в виду исконно наши территории по Днепру и вокруг Киева. Так называемую Гетманщину. Термин же Малороссия официально появился при Екатерине II, упразднившей эту самую более ненужную Гетманщину. Местных обывателей начали звать малороссами.
Интересно, что местное южное население зваться малороссами отнюдь не любило. Вплоть до XIX-го столетия обычно говорило о себе как о русинах или просто русских. Малороссами их обычно официально звала государственная администрация.
Возможно, название Малороссия не прижилось лишь потому что мало кто хочет звать себя малыми, маленькими. Белыми пожалуйста - белорусы свое название признали. А вот малыми - ну тут уж глубочайше извините...