Если по решению ИФНС из-за просрочки сдачи отчетности счет заблокирован, то выдать зарплату компания сможет. И налоги с нее тоже можно перечислить.
Зарплата, налоги и взносы с нее относятся к третьей очередности, а это, в том числе, оплата по платежным документам, предусматривающим перечисление или выдачу денежных средств для расчетов по оплате труда с лицами, работающими по трудовому договору (контракту), перечисление задолженности по уплате налогов и сборов.
Поэтому, если счет заморожен из-за того, что вовремя не сдали отчетность, то банк обязан пропустить платёж. И если на счете достаточно средств для выплаты зарплаты и нет более важных требований, то банк проведет такие платежи.
Для любителей почитать первоисточник: письмо Минфина от 05.04.2021 № 03-02-11/24807
