С 1985 года началось производство мотоцикла «Иж Юпитер-5» с двигателем, мощность которого, по сравнению с предыдущей моделью Иж Юпитер-4 была снижена с 28 до 24 л.с., но крутящий момент вырос до 3,5 кгс·м (при более низких оборотах). Изменилось оребрение цилиндров и головок, крепление выпускных труб к цилиндрам (стало фланцевым). Появилась кнопка «аварийного запуска», замыкающая обмотку возбуждения генератора на «массу», минуя регулятор напряжения, что облегчает при запуске с разряженным аккумулятором. Остальные потребители электроэнергии получают питание через регулятор напряжения. Крепление руля стало эластичным, передний тормоз двухкулачковым.
В 1988 году мотоцикл получил индекс «ИЖ Юпитер-5−01», использован ряд деталей от Иж Планеты-5: бензобак, ящики, крылья, сидение и приборный щиток.
Последние модификации «Иж Юпитер-6» имеют индекс −03 и оборудованы двигателем ИЖ Ю-5 сб 1-08.10 с жидкостной системой охлаждения и мощностью 25 л.с. Использование жидкостного охлаждения даёт возможность снизить расход топлива, увеличить тягу, уменьшить уровень шума и обеспечивает устойчивую работу двигателя.
