С началом эволюции змей у палеонтологов проблемы. От их самых ранних предков, живших в середине юрского периода, почти ничего не осталось по одной простой причине — сами предки были очень мелкими, косточки их — тонкими и хрупкими, к тому же, как полагают, жили они в условиях, не особенно способствующих фоссилизации. Поэтому восстанавливать облик змеиного предка биологам приходится в основном по данным сравнительной анатомии и генетики.
Все эти данные вроде бы указывают на то, что жил этот предок то ли в земле, то ли в лесной подстилке. Ноги там не то чтобы не нужны, а просто мешают, а остальные отличительные признаки змей, в частности, сросшиеся прозрачные веки и отсутствие наружных органов слуха, легко объяснимы. Что глаза, что уши нуждаются в защите от норовящей забиться в них земли, а вот они сами будто бы под землёй или среди опавших листьев не слишком нужны.
Однако со столь логичными рассуждениями согласились не все. В 60-х годах позапрошлого века палеонтолог Эдвард Коп, тот самый, который обнаружил, что животные со временем растут, заметил, что змеи анатомически весьма похожи на одну из групп мезозойских морских ящеров — мозазавров. На этом основании он объединил змей и мозазавров в одну группу — Pythonomorpha. По мнению учёного, именно в море и прошёл начальный этап эволюции змей, когда они, собственно, и стали змеями.
Типично змеиные черты в «водной» гипотезе объясняются примерно так же, как в «земляной». Веки срослись для того, чтобы не терять воду через роговицу. Наружное же ухо змеи потеряли и так же, и по той же причине, что и киты — под водой оно не только совершенно бесполезно, но и вредно, работая «входными воротами» для инфекций.
И даже ноги, по мысли Копа, змеи потеряли примерно так же, как и киты — тому, кто плавает, изгибаясь, ноги решительно без надобности. В итоге появилось животное, похожее на современных морских змей, которое только в конце мела, ближе к мел-палеогеновому вымиранию, вторично выбралось на сушу, потом опять частично вернулись в море.
Однако до начала XXI века «водная» гипотеза особым успехом не пользовалась. Палеонтологов вполне устраивала и «земляная», а родичами мозазавров считали скорее варанов, которые к змеям точно не особенно близки. Но потом начали появляться родословные древа, согласно которым змеи и мозазавры — сестринские клады, то есть происходят от общего предка, не бывшего ни змеёй, ни мозазавром, и входят в кладу Toxicofera.
В обновлённую же кладу Pythonomorpha, по мнению сторонников «водной» гипотезы, следует, кроме змей и мозазавров, включить ещё и как минимум долихозавров — сильно вытянутых в ящериц длиной от трети метра до метра с коротенькими ножками, живших примерно 70—130 миллионов лет назад в прибрежных водах океана Тетис.
По всей видимости, долихозавры занимали экологическую нишу современных морских змей, охотясь на рыбу и мелких беспозвоночных среди коралловых рифов и прибрежных скал. Плавали они примерно так, как положено змеиному предку — изгибаясь всем телом и прижав лапки к бокам, а вот на сушу уже скорее всего, не выходили.
Теоретически на искомого предка змей долихозавры весьма похожи, однако сторонники «морской» теории полагают, что они происходят со змеями от общего предка, хотя и могут быть предками мозазавров. Но это уже совсем не точно и такого мнения придерживаются даже не все, кому больше нравится «водная» гипотеза.
Впрочем, популярность «водной» гипотезы в наши дни довольно относительна, она куда меньше популярности «земляной». Главная её проблема — не до конца ясно, каково, собственно, систематическое положение мозазавров, родство с которыми приписывают змеям. Причём степень этого родства сильно «плавает» от реконструкции к реконструкции, а некоторые учёные и вовсе полагают, что Pythonomorpha — артефакт, вызванный неверной интерпретацией окаменелостей. Да и вообще биология не знает рептилий, потерявших ноги из-за водного образа жизни. А вот из-за жизни в земле — знает.
Но и объявлять «акватическую теорию» происхождения змей полной ерундой биологи тоже не торопятся. Хотя бы потому, что под неё идеально подходят змеи семейства Simoliophiidae, в особенности Pachyrhachis problematicus, которые обитали на территории современных Европы и Ближнего Востока около сотни миллионов лет назад.
Симолифиды были несомненными змеями, но при этом до крайности примитивными, у них даже были самые настоящие задние лапки — хоть и без пальцев, но всё ещё с полным комплектом суставов. И при этом, судя по толстым и плотным позвонкам и рёбрам — явному приспособлению для ныряния, вели водный образ жизни. Уже или ещё, впрочем, не совсем понятно.
Но, тем не менее, такое сочетание примитивных признаков с явными приспособлениями к водному образу жизни всё же придаёт определённый вес «водной» гипотезе, ведь если в воде жили настолько примитивные животные, то логично полагать, что в воде же обитали и его предки. Правда, реконструкции родословного древа упорно сопротивляются такой идее — получается, что симолиофиды всё же были продвинутыми.
Впрочем, палеонтологи могли бы поставить точку в споре двух гипотез, если бы им удалось найти явное переходное звено между змеями и ящерицами, причём желательно — хорошо сохранившееся. В начале 2010-х годов даже казалось, что такое звено всё же удалось найти, но и с ним тоже возникли проблемы. Но это уже совсем другая история…