Налог учитывается отдельно и не включается в стоимость приобретенных товаров (пп. 8 и 23 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). Для этого в Книге учета доходов и расходов необходимо делать дополнительные записи.
При реализации товаров, НДС включается в расходы. При чем именно в том периоде, когда отражена продажа. Списать в затраты можно только ту сумму налога, которая относится непосредственно к реализованным товарам (Письма Минфина России от 17.02.2014 N 03-11-09/6275 (направлено для сведения и использования в работе Письмом ФНС России от 18.03.2014 N ГД-4-3/4801@), от 23.08.2013 N 03-11-06/2/34691, ФНС России от 05.02.2014 N ГД-4-3/1891)