Если организация в 2024 году заработала больше 60 миллионов, то в 2025 году при сохранении УСН она становится плательщиком НДС. Но, медицинские услуги при наличии лицензии освобождаются от НДС, по ст. 149 НК РФ. Минфин подчеркивает это в письмах от 23.07.2024 № 03-07-11/68747, от 07.08.2024 № 03-07-11/74201.
В целях гл. 21 НК РФ к медицинским услугам относятся, в частности, медуслуги, оказываемые населению по диагностике, профилактике и лечению и санитарному просвещению населения по Перечню, утвержденному Постановлением Правительства РФ от 20.02.2001 N 132. Стоматологические услуги поименованы в качестве медицинских услуг в действующем Классификаторе работ (услуг), и в Номенклатуре медицинских услуг (утв. Приказом Минздрава от 13.10.2017 N 804н.).
Таким образом, критерием применения норм подп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ является оказание медицинскими организациями, имеющими соответствующую лицензию на осуществление медицинской деятельности, медицинских услуг, предусмотренных Перечнем медицинских услуг, не подлежащих обложению НДС.
Следовательно, организация на УСН, оказывающая медицинские услуги при наличии соответствующей лицензии, вправе применять льготу по НДС с 01.01.2025 г. при доходах более 60 млн руб. в год, одновременно выступая в качестве плательщика НДС при продаже сопутствующих не медицинских товаров. При продаже медоборудования или принадлежностей к нему, в том числе ввозимых в РФ, оно подлежит освобождению от НДС, если на него выписано регистрационное удостоверение на основании списка, утвержденного постановлением Правительства РФ от 30.09.2015 № 1042. Также, от НДС освобождается продажа медицинских товаров, указанные в утвержденном перечне (утв. Постановлением Правительства РФ от 30.09.2015 N 1042, пп. 1 п. 2 ст. 149 НК РФ);
В случае наличия льготы по ст. 149 НК РФ организации не должны подавать уведомление о том, что они не признаются плательщиками НДС и счет-фактуры не выставляют. Однако, это не освобождает от необходимости сдавать декларацию по НДС начиная с первого квартала 2025 года. При применении ст. 149 НК РФ заполняется раздел 7 Декларации по НДС и там указать код 1010211 - медицинские услуги медицинских организаций (осуществляющих медицинскую деятельность), если его не ФНС не поменяет. Если организация будет продавать товары не освобожденные от НДС, то она будет обязана вести книгу продаж и сдавать декларацию в общем порядке.