К началу правления в России династии Романовых православная Церковь существовала в государстве уже более 600 лет. Несомненно, это приводило к тому, что любая власть, особенно та, чьё положение было достаточно неустойчивым, вынуждена была учитывать в своей политике авторитет Церкви, её возможность влиять на настроение населения. В то же время Романовы во многом готовы были продолжать политику своих предшественников Рюриковичей, которые стремились к тому, чтобы Церковь была поставлена под государственный контроль, Также многие русские правители стремились завладеть значительными земельными владениями Церкви.
Особенности взаимоотношений Церкви и государства при первых Романовых также объяснялись общими историческими обстоятельствами данной эпохи. Именно в этот период происходит значительное расширение российской территории за счёт присоединения сибирских земель. Соответственно, в деятельности Церкви всё большее значение приобретала миссионерская практика, которая рассматривалась государством положительно, как своего рода инструмент ассимиляции присоединённых народов и территорий.
Приход к власти Романовых был связан с завершением в истории России периода Смутного времени, в ходе которого был поставлен вопрос о самом существовании российской государственности. Церковь сыграла немалую роль в организации сопротивления интервентам и возрождения государства. При этом многие территории, населённые православными, продолжали находиться под властью Польши, что накладывало отпечаток на всю внешнюю политику России в XVII веке.
Начало правления первого Романова Михаила Фёдоровича можно охарактеризовать как период наибольшего влияния Церкви на государство. Объяснялось это во многом тем, что Михаил Романов был ещё совсем молодым человеком, на которого имел большое влияние отец. А отцом его был никто иной как Фёдор Романов, более нам известный как патриарх Филарет. Так как он был отцом царя, то вплоть до самой своей смерти оставался его соправителем. Наряду с патриаршим званием он также использовал титул «Великий государь». Многие историки предполагают, что именно он во многом руководил политикой Российского государства.
Филарету удалось добиться увеличения полномочий Церкви. В областях принадлежащих патриарху он получал право суда не только над духовенством, но и над крестьянским населением. Однако сращивание церковной и государственной власти впоследствии всё-таки в большей степени происходило уже при превосходстве светских властителей. Попытки патриарха Никона поставить «священство выше царства» воспринимались царём Алексеем Михайловичем с большой настороженностью. Можно сказать, что государство постепенно перехватывало механизмы управления Церковью. При этом большое значение придавалось сакрализации власти самого царя. Подданные должны были именно монарха, а не патриарха воспринимать в качестве наместника Бога на земле.
Говоря о церковном расколе, который стал одной из трагических страниц российской истории также не нужно представлять его как исключительно дело Церкви. Во многом идеологом реформы стал именно царь.
Если говорить об официальных предпосылках церковных реформ, то они заключались в необходимости унификации богослужения по всей стране, проведения сравнения между разными вариантами написания в богослужебных книгах. Однако можно говорить также и о существовании своего рода геополитических причин реформы. Известно, что царь Алексей Михайлович хотел привести русскою церковь в полное единство с греческой. Это объяснялось стремлением утвердить своё положение как наследников византийских императоров. Вполне возможно, что Алексей Михайлович всерьёз рассматривал вариант с освобождением из под турецкой власти всего православного населения Балкан и собственного воцарения в Константинополе. Неудивительно, что он стремился к единству взглядов не только с русским духовенством, но и с греческим.
Также могло иметь значение то, что в середине XVII века в состав России вошла значительная часть Малороссии, которая находилась под юрисдикцией константинопольского патриарха. В обрядовой практике можно было наблюдать значительные расхождения. Царь стремился к религиозной унификации всех своих подданных. Таким образом, церковный раскол стал во многом следствием государства расширить свою власть в духовной сфере, контролировать полностью религиозную жизнь населения.
Суть проводимых изменений в области богослужения сводилась к многочисленным исправлениям в богослужебных книгах. Нашим современникам эти изменения могут показаться малозначимыми, однако для людей указанной эпохи любая попытка убрать или добавить хотя бы одну букву к сакральным текстам могла восприниматься как ересь, которая угрожала спасению души тех, кто бы в неё впал.
Наиболее заметным нововведением, которое стало символом раскола и было хорошо заметно даже неграмотным, стала замена двуперстного крестного знамения на троеперстное. Кроме этого отменялись при богослужениях малые земные поклоны. Крестные ходы теперь должны были двигаться в обратном привычному направлению. Возглас «аллилуйя» во время богослужения теперь должен был звучать трижды, а не дважды. Изменилось также количество просфор, которые использовались при литургии и изображение на самих просфорах.
Все эти изменения проводились в порядке административного принуждения. Это заставляло значительную часть населения относиться к ним с большим недоверием. Стремление к компромиссу отсутствовало у обеих сторон. С одной стороны, патриарх Никон добился в 1656 году от церковного собора объявления еретиками всех, кто продолжал использовать двуперстное крестное знамение. Однако и отказавшиеся принять церковные новшества также начали говорить о том, что патриарх, а вполне возможно и сам царь являются выразителями воли антихриста. Это, в свою очередь, вызвало ужесточение отношения к старообрядцам со стороны государственной власти. При этом в 1667 году сам Патриарх Никон был низложен на церковном соборе и сослан в отдалённый монастырь. Его претензии на вмешательство в дела государства крайне не понравилось царю. Однако внесённые в ходе реформы новшества остались неизменными.
Центрами сопротивления реформам стали многие известные монастыри, такие как Соловецкий, Палеостровский. Причём поставить эти монастыри под свой контроль государство смогло только после отправки туда воинских отрядов, на Соловках осада монастыря продолжалась несколько лет.
Ещё большее количество людей предпочитало просто пуститься в бега на Дон, в Сибирь, где они могли практически никак не соприкасаться с государственной властью. Очевидно, что таким образом государство лишилось множества налогоплательщиков. Церковный раскол продолжил оказывать негативное влияние на развитие России и в последующие столетия. Значительная часть населения подвергалась дискриминации, и, в свою очередь, не готова была быть лояльными гражданами государства.