Казалось бы, фамилия Капитонов не представляет никакой загадки – она образовалась от крестильного имени Капитон. В народной живой речи это имя обкатывалось на все лады: Капитоха, Капитошка, Капитоня…
В православии почитаются священномученик Капитон-епископ, который проповедовал веру Христову в Крыму в начале IV в., за что и был замучен; а также святой мученик Капитон, обезглавленный после мучений за веру Христову. Память этих подвижников Православная церковь ежегодно чтит 20 (7) марта, 6 августа (24 июля) и 25 (12) августа.
Впрочем, не исключено, что именование Капитон могло использоваться в качестве прозвища. Капитонами долгое время называли себя русские раскольники по имени одного из староверов, крестьянина села Даниловского Костромского уезда. Раскольник Капитон вступил в борьбу с новыми обрядами, агитируя односельчан отдаляться от церкви и священников, поклоняться только старым иконам и креститься двумя перстами. Впоследствии он собрал многочисленное общество последователей, которые стали называться его именем. Один из таких Капитоновых мог оставить свое прозвище в наследие потомкам.
Существует и третий вариант. В Книге о ратном строе 1647 года приведена номенклатура военных чинов. Среди прочих там можно встретить и знакомое нам слово капитан, которое в половине случаем писалось как капитон. Там же встречается и прилагательное капионов (принадлежащий капитону). Таким образом, какой-нибудь род Капитоновых мог пойти от воинского звания его основателя.
В переводе с латинского Капитон означает «Голован», то есть «с большой головой». Вообще, латинский корень cap дал жизнь огромному пласту лексики, в том числе и в русском языке: Капитолий, капитул, капелла, капеллан, каплан, каплун, капитан, капрал, кэп, кепка, капюшон, капот, капуцин, капуста...