Михаил Фёдорович Нагой упоминается в документах, дошедших до нас, начиная с 1581 г. Во время свадебного торжества царя Ивана IV с Марией Нагой, сестрой Михаила Фёдоровича, тот распоряжался церемонией. Его многочисленные братья служили воеводами, а ему удалось ещё при Грозном занять место окольничего. От слова «около», такие люди обустраивали личные дела и быт царя, а позже стали руководить приказами, полками, назначались в дипломатические миссии.
После ухода из жизни государя Михаил с опальной вдовой царя Марией, братом Григорием и племянником Дмитрием был сослан подальше от двора, в Углич. Воспользовавшись стечением обстоятельств (несчастным случаем или убийством последнего сына Ивана Грозного - Димитрия) Василий Шуйский открыл уголовное разбирательство по сфабрикованному делу о безвинном убийстве Битяговского, Качалова и Волохова. Приказ такой отдал якобы Михаил Нагой, обвинив последних в смерти племянника.
Но даже под пытками Нагой не признал вины. Однако суд принял решение о заключении «виновного» в остроге. В 1598 г. Борис Годунов. распорядился освободить Михаила Нагого и даже назначил воеводой в Царёв-Санчуйске, где тот и прослужил до 1602 г.
В 1606 г. дядя убиенного царевича Дмитрия признаёт самозванца племянником. Лжедмитрий за услугу производит Нагого боярином и назначает великим конюшим. Но после свержения самозванца снова становится окольничим.
Во время правления Василия Шуйского Михаил Фёдорович принимает участие в битве против Пашкова и Ляпунова близ села Троицкое в 1606 г., где его войско терпит неудачу. В 1607 г. Шуйский отправляет Нагого в Елец с образом царевича Димитрия и письмом от вдовы Грозного Марфы засвидетельствовать гибель государева отпрыска. Этим рискованным поступком Шуйский хотел успокоить народное возмущение в Северных городах.
В списке удачных битв значатся:
1607 г. – с отрядом князя Мосальского на Вырке около Белёва;
1608 г. – с тушинцами под Москвой;
1609 г. – с поляками и приверженцами Лжедмитрия II под Москвой.
Жизнь Михаила Фёдоровича Нагого закончилась в 1612 г.
