Задолго до открытия вирусов, великий классификатор и систематик Карл Линней, изучая разнообразие живого мира, обозначил мир микроорганизмов как Хаос. Позже, по мере накопления знаний, натуралисты пытались навести порядок в этом хаосе, раскладывая сходные виды по полочкам, классифицируя их. Естественно, что такие попытки вскоре после открытия вирусов, стали применяться и к ним.
Сначала вирусы классифицировали по видам поражаемых хозяев: вирусы растений, вирусы животных, вирусы бактерий, вирусы простейших. Позже начали выделять более мелкие группы — вирусы человека, вирусы приматов, вирусы грызунов и т. п.
Попробовали классифицировать вирусы и по симптомам (признакам) болезней, ими вызываемыми. Так появилась группа респираторных вирусов, то есть вирусов, вызывающих заболевания дыхательных путей, группа вирусов энцефалитов, группы вирусов геморрагических лихорадок и пр. Эта классификация, удобная для клинициста, недолго просуществовала, так как, с одной стороны, разнородные вирусы могут вызывать сходные заболевания, с другой - один и тот же вирус может вызывать разные формы болезни. Например, вирус полиомиелита может вызвать легкую лихорадку или тяжелое поражение центральной нервной системы со стойкими параличами.
Подлинно научная классификация вирусов стала возможной только после того, как были получены данные о химическом составе и строении вирусов.