Всем привет. Актуальность - моё второе имя, к сожалению, иногда. Эту статью нужно было написать ещё два месяца назад, а то и раньше, но как обычно, лучше поздно чем никогда. Ведь тем не менее всё ещё возникают разные вопросы о штамме вируса SARS-CoV-2 "Дельтакрон", какие у него симптомы, на сколько он опасен, и эффективны ли против него вакцины. Ответы просты, симптомов у него нет, он не опасен, а насчёт вакцин можно вообще можно не переживать. И нет, не потому что этот штамм какой-то очень лёгкий, что вызывает бессимптомную форму инфекции, а потому что этого штамма просто не существует.
И нет, подписчики канала, не спешите кидаться в меня тапками, а антипрививочники и COVID-диссиденты не спешите радоваться, мол "борец с COVID-диссидентами, сам стал COVID-диссидентом". Нет, антипрививочникам я не продался и COVID-диссидентом не стал. Просто штамм Дельтакрон на самом деле является лабораторной ошибкой и подробнее об этом в этой статье.
Друзья! В связи с тем, что Яндекс.Дзен перешел на подписочный формат, группа научно-популярных каналов Яндекс.Дзена сделала список интересных каналов, посвященных науке и не только. Список опубликован в данной статье на канале "Полтора инженера". Также большой пополняемый список хороших научно-популярных каналов есть на канале “Новости популярной науки”. Спасибо за поддержку.
История штамма
Всё началось ещё 7 января 2022, когда вирусолог Леондиос Кострикис в университете Кипра работал с несколькими геномами вируса SARS-CoV-2 В одной из генетических последовательностей он обнаружил некоторые мутации присущие штаммам "Дельта" и "Омикрон". Сам учёный со своей командой назвал штамм "Дельтакрон" и загрузил около 25 последовательностей данного "штамма" в "GISAID" (крупную базу данных содержащую данные о геномах вирусов гриппа, а в 2020 ещё и коронавируса вызвавшего пандемию. На следующий день загрузил ещё 27 последовательностей. Однако по настоящему "Дельтакрон" стал известен из-за того, что Леондиос дал интервью местному телеканалу и рассказал им про "Дельтакрон". Новость услышали в издательстве финансовых новостей Bloomberg и тоже выпустили новость про данный штамм, что сделало данный штамм мировой известностью. Однако научное сообщество проанализировало данные генетические последовательности и пришло к однозначному выводу - данный "штамм" лабораторная ошибка в связи с контаминацией (загрязнением) исследуемого материала.
Загрязнение пробы
Стандартной процедурой в лаборатории при работе с патогенными микроорганизмами является секвенирование генома (т.е. определение его нуклеотидной последовательности), которое проводят с помощью полимеразной цепной реакции больше известной нам как ПЦР. Правда это не совсем та ПЦР, что используется в медицине, та ПЦР, что применяется в медицине говоря на языке геймеров и компьютерщиков "порезанная" её функционал менее широк чем у той ПЦР что используется в научных лабораториях. В медицине нужна только одна функция: амплификация - т.е. увеличение числа нуклеиновых кислот в исследуемом материале. Это делает ПЦР чувствительнее других методов диагностики и главное наиболее точной ведь ПЦР использует праймеры (небольшие молекулы нуклеиновых кислот комплиментарные (принцип комплиментарности в генетике означает, что каждому нуклеотиду соответствует другой определённый нуклеотид между которыми образуется водородная связь. Например, Аденину (А) будет комплементарен Тимин (Т) А-Т или Уроцил (У) для РНК А-У, а для Цитозина (Ц) - Гуанин (Г) Ц-Г) нуклеиновой кислоте исследуемого патогена.
Опуская не особо нужные для понимания, статьи подробности, если в материале, взятом у человека, на самом деле присутствует патоген, на который настроен данный ПЦР тест, то нуклеиновая кислота данного патогена образует водородные связи с праймерами и начнётся реакция амплификации, что, по сути, означает положительный результат. Если нет, из-за принципа комплементарности, нк просто не образует связи с праймерами и амплификации не произойдёт. Функционал же ПЦР в научных лабораториях гораздо лучше, так как там требуется больше всяких операций с нуклеиновыми кислотами. Однако основа всё та же, те же циклы амплификации, те же взаимодействия праймеров с нуклеиновыми кислотами.
В геноме штамма "Дельта", конкретно в участке генома, кодирующего Спайк-белок вируса присутствует несколько мутаций, из-за которых некоторые праймеры хуже связываются с этим участком, из-за чего секвенирование этого участка является сложнее, чем секвенирование других участков. "Омикрон" же этих мутаций не имеет, как и проблем с секвенированием этих участков. И в этом и кроется причина смешения двух геномов. В материал с нуклеиновыми кислотами штамма "Дельта" попал генетический материал "Омикрона", а так праймеры комплиментарные участку генома Спайк-белка лучше связываются с этим участком у штамма "Омикрон", то эти праймеры с "Омикроном" и связались. Остальные же праймеры связались как с геномом "Омикрона", так и с "Дельтой" из-за чего конечный секвенированный геном имел как мутации от "Дельты", так и мутации от "Омикрона". По словам вирусолога Джереми Камила данный тип загрязнения наиболее распространён в лабораториях, но и наиболее легко выявляется, просто Кострикис чуть поспешил с объявлением этих данных в прессу.
Научные и новостные журналы
Тем не менее, разные новостные издания и дальше продолжали подхватывать новость про штамм "Дельтакрон". И сравнения его заразности с другими штаммами, и даже в трёх странах мира, его выявили, другие же пишут, что пока выявлен только на Кипре. Из всех новостных статей только что странно "РИА новости" пишут про контаминацию материала и "Хайтек" аккуратно в конце статьи приписывают, что "существует мнение, что "Дельтакрон" результат контаминации пробы.
В научных же журналах довольно тихо. Одна статья есть в журнале Nature (которая является источником, на котором основана эта статья) и полное отсутствие статей в других научных журналах, таких как The Lancet и Science.
Что, собственно, явно говорит, о том, что "Дельтакрон является контаминацией исследуемого материала" — это не гипотеза, а более чем признанный факт.
Послесловие
Конечно, эта новость обрадует различных COVID-диссидентов. "Ага, смотрите, а мы говорили вам, что ваша наука постоянно ошибается! Может и сам коронавирус является подобной ошибкой?!". Разумеется нет, тот факт, что не существует штамма Дельтакрон разумеется не говорит о том, что не существует других штаммов или самого SARS-CoV-2. Ошибки в науке безусловно бывают, но как показала эта история, они не особо значимы, появилась ошибка и буквально на следующий день её исправили и если бы Кострикис бы не дал интервью, эта информация бы не вышла за приделы научного сообщества.
Ну а на этом всё. Спасибо за прочтение, не болейте!
P.S. Если нашли в статье ошибку
Если вы нашли в статье ошибку (неверно назван термин или описан процесс), сообщите об этом в комментариях, информация будет исправлена
#вирусы #covid-19 #SARS-CoV-2 #штаммы #дельтакрон #штамм дельта #омикрон #медицина
