Одним из важнейших вопросов истории первобытного общества, окончательного ответа на который не дано до сих пор, является проблема происхождения и эволюции человека. Впервые она была поднята Карлом Линнеем в середине XVIII в., когда он поместил человека в один ряд с человекообразными обезьянами, хотя при этом и не отрицал роль Бога в сотворении человека. В начале второй половины XIX в., после первых находок останков неандертальцев, дискуссия о происхождении человека вышла на новый уровень (самыми известными ее участниками были Томас Гексли и Ричард Оуэн), в том числе и благодаря сочинению Чарльза Дарвина «Происхождение человека». Именно с этого момента эволюционная концепция антропогенеза начала становиться главенствующей среди антропологов и историков первобытного общества.
Основным аргументом ее критиков было отсутствие т.н. «недостающего звена» между человеком и человекообразными гоминидами. Однако после открытия Эженом Дюбуа останков питекантропа, началось стремительное увеличение новых данных, свидетельствующих о длительном пути эволюции человека. Начиная с 1920-х гг. археологами и антропологами было найдено множество различных видов предков человека –от австралопитеков и заканчивая находками Homo naledi в 2013 г. Все накопленные данные свидетельствуют о нелинейности процесса эволюции человека, наличии множества «тупиковых ветвей». До настоящего времени не решен однозначно вопрос моно- или полигенизма в происхождении человека (ряд известных ученых, в том числе В.П. Алексеев придерживались и придерживаются второй теории). Также неясно влияние «тупиковых ветвей» на процесс формирования Homo sapiens.
Другим вопросом первобытной истории, на которой не существует однозначного ответа – это проблема расогенеза. До настоящего времени не существует единой трактовки самого термина раса, а ряд ученых (Майкл Юделл, Дороти Робертс, Роб ДеСейл, Сара Тишкофф) предлагает отказаться от его использования как от пережитка прошлого. Нет и единого подхода к определению количества рас и самого принципа их выделения (Н.Н. Чебоксаров, В.П. Алексеев, В.В. Бунак, М.Г. Левин, Я.Я. Рогинский и т.д.). Также спорным остается вопрос о моно- и полицентризме расообразования, нет консенсуса по вопросу времени формирования рас, маршрутам их движения по Ойкумене и т.д.
Одной из проблем, которая существует со времени появления интереса к истории первобытного общества, является происхождение и эволюция языка (глоттогенез). Со времен античности существовали теории, описывающие глоттогонию с позиции естественного происхождения или искусственного создания. В XIX в. эти идеи были развиты рядом авторов (Л. Нуаре, К. Бюхер, Ф. Энгельс), но однозначного ответа ими дано не было. В XX в. этот вопрос продолжил обсуждаться историками и лингвистами, но до его решения еще далеко.
Вопросы происхождения семьи, собственности и хозяйства, бывшие основными в XIX – первой половине XX вв. в настоящее время становятся менее актуальными, поскольку акцент в современных исследованиях сместился с изучения развития производительных сил и связанных с ними отношений в сторону более сложных трактовок. Но при этом сохраняется внимание ученых к вопросам политогенеза и происхождения религии.
В настоящее время наиболее популярная гипотеза образования государства посредством завоевания практически исчезла из научного оборота. Вообще, в настоящее время происходит отказ от «государствоцентричного» подхода, многие авторы обращают внимание на альтернативные формы политогенеза, доказывая, что процесс формирования государства не был линейным, более того, государство не является обязательной и единственной формой политического объединения.
Вопросы происхождения религии начинают рассматриваться через призму антропологического подхода, изучается роль человека в этом процессе, изменения в типе мышления, особенности мифологического сознания и т.д. Произошел отказ от ранжирования религий, каждая из них воспринимается как самостоятельная ценность.
В целом, в историографии истории первобытного общества практически по каждому из вопросов имеются различные, порой диаметральные, точки зрения. Это свидетельствует о сложности изучаемого объекта, а также о том, что существует простор для новых исследований.