Суть коэффициентов CI и RI и логику их подсчета я объясняла ранее (для CI и для RI). К сожалению, прямым образом эти коэффициенты на подсчитать в TNT. Зато тут можно вывести количество минимальных и максимальных шагов, то есть по сути данные, необходимые для подсчета этих коэффициентов. Для этого надо в основном меню выбрать “Data” и в выпадающем меню “Show min-max steps”.
Программа выведет эти данные для всего дерева (min step (m) = 75, max steps (g) = 521) и табличку для каждого признака.
Мы уже знаем, что самое короткое наше дерево имеет длину (s) 198 (статья, где описывается процесс запуска дерева описан здесь и здесь). Этот параметр дерева программа выдает автоматически по окончанию анализа. И таким образом, можно подсчитать, что для текущего примера CI = m/s = 75/198 = 0.38, RI = (g-s)/(g-m) = (521-198)/(521-75)=0.72
Ну и для тех, кто все же не хочет пользоваться калькулятором, есть скрипт для TNT, который называется STATS.RUN, его можно скачать здесь
Для того, чтобы воспользоваться этим скриптом, надо (1) убедиться, что файлы tnt.exe, файл со скриптом и матрица лежат в одной папке (2) построить филогению любым способом (3) Ввести в командной строке в tnt название скрипта STATS.RUN
Нажимаем ввод, и выводится результат для всех деревьев в виде таблички. Как видите, результаты совпадают с теми, которые я посчитала по формуле выше.
Что касается меня, то я никогда не считаю CI и RI такими способами, поскольку параллельно всегда провожу анализ в Winclada, которая автоматически считает эти коэффициенты. Однако я знаю людей, которые используют только TNT.
Еще я прочитала, что скрипт плохо работает, если деревьев очень много. Тут тоже есть обходные пути, например, сохранить все деревья в .tre файл (как описано здесь). Открыть этот файл в блокноте, стереть какое-то количество деревьев, и опять открыть в TNT на той же матрице. Но, если честно, не уверена, что стоит так заморачиваться.
Гораздо удобнее работать с признаками в Winclada, и в следующих статьях я опишу, как это делается.
