Да, такое бывает, поэтому важно знать, какие могут быть причины отказа:
Ошибка при заполнении
Причем зачастую налоговая не указывает какая именно ошибка, хотя должна. Согласно закону налоговики обязаны объяснить отказ в приеме отчетности.
Подпись декларации новым директором
Пока нет данных о новом директоре в ЕГРЮЛе, инспекторы могут не принять отчетность. Хотя это незаконно. Полномочия нового директора не зависят от записи в информационных ресурсах, которые ведет ФНС. Чтобы это предотвратить, вместе с декларацией можно сдать документы о назначении директора.
Не уведомили ФНС о смене режима налогообложения
Если налоговая сначала получила отчет, а не уведомление о переходе на спецрежим, то отчет не примут.
И да, бывают не совсем законные причины отказа, такие как: вы показались недобросовестным и ваша фирма кажется ФНС транзитной, налоговики хотят познакомиться с директором лично и удостовериться, что ЭЦП принадлежит ему.
Главное, строго соблюдать все правила и сроки, и тогда вы всегда сможете доказать свою правоту.