Хотя упрощенцы не являются плательщиками НДС, но вопросы, связанные с этим налогом, тем не менее, в их деятельности возникают.
Прежде всего, почему налогоплательщики на ОСНО не хотят работать с поставщиками на УСН? Ответ здесь такой – поставщик на УСН не может выставить покупателю счет-фактуру с выделенным НДС, из-за чего покупатель на ОСНО не сможет применить налоговый вычет на сумму входного НДС. Выход здесь возможен в снижении продажной цены, ведь в отличие от поставщиков на общей системе налогообложения, упрощенцы не должны начислять НДС при реализации.
Иногда упрощенцы все-таки выписывают покупателю счет-фактуру с выделенным НДС, что обязывает их уплатить этот НДС и сдать декларацию. Судьба такой счет-фактуры может оказаться спорной. Инспекции часто отказывают покупателям в получении налогового вычета, ссылаясь на то, что упрощенцы не являются плательщиками НДС (при этом НДС-то ими реально уплачен). Правда, большинство судов в таких спорах поддерживает право покупателей на вычет НДС.
Если же наоборот – упрощенец покупает товар у поставщика, работающего на ОСНО, то он оплачивает НДС, на который не может получить вычет. Зато, согласно статье 346.16 НК РФ, налогоплательщик на упрощенной системе может учесть входной НДС в своих расходах. Касается это, правда, только плательщиков УСН Доходы минус расходы, т.к. на УСН Доходы никакие расходы не учитывают.