Добросердечие и доверчивость кардинала чуть было не стоили головы его младшему брату Луи Конде.
После провала Амбуазского заговора 1560 года, согласно которому партия гугенотов планировала захватить короля Франциска II и Екатерину Медичи, передав их на попечения Антуану и Луи Бурбонам, последний из которых косвенно и тайно участвовал в этом деле, Гизы уговорили слегка простодушного прелата, отправиться к своим братьям и способствовать их возвращению ко двору.
Кардинал Карл, не чуя подвоха и расстарался. Вместе с братьями он вернулся к королю. Но принц Конде был немедленно арестован в Орлеане, как наиболее скомпрометированный подозрениями в участии в заговоре. С Антуаном пока обошлось, но вот самому младшему Бурбону грозила смертная казнь. Вопрос с этим приговором не очень ясен, но в любом случае кардинал Карл предпринимал максимальные, хотя и тщетные усилия для освобождения принца Конде. Как бы то ни было, неожиданная смерть молодого короля спасла Луи Конде и от тюремного заключения, и от весьма вероятной казни. Гизы его ненавидели, а король всецело находился под их влиянием.
Теперь во Франции был новый король, совсем юный Карл IX и Екатерина Медичи сумела вывернуться из-под власти Гизов. В обмен на освобождение Луи Конде, королеве-матери было достаточно легко договориться с Антуаном Бурбоном. Последний, как первый принц крови мог претендовать на регентство, но уступил его королеве, став генерал-лейтенантом королевства
Ну, а дальше, как известно, мир в королевстве сохранить не удалось и начались Религиозные войны. К вящей печали кардинала Карла в самом их начале, его родные братья оказались по разные стороны баррикад. Луи Конде стоял во главе протестантской партии, а Антуан – во главе армии королевства. Антуан Бурбон был смертельно ранен при захвате Руана (ранее занятого гугенотами) и скончался в ноябре 1562 года. Конде был разбит католиками и оказался в плену. Однако вскоре и католическая партия осталась без лидеров – коннетабль Монморанси также был взят в плен, а в феврале следующего 1563 году, злодейски застрелен в спину Франсуа де Гиз. Первая Религиозная война завершилась Амбуазским миром 19 марта 1563 года.
И вот в этой паузе кардинал Бурбон чуть было не сыграл совсем неожиданную роль. Гибель Антуана Бурбона поставила перед королевством ряд вопросов: во-первых, кто у нас теперь будет генерал-лейтенантом и во-вторых, кто теперь, собственно, первый принц крови? Технически, как минимум первым принцем должен был стать сын Антуана и Жанны Д’Альбре, но Генриху Наваррскому было всего десять лет, и поэтому генерал-лейтенантом он быть точно не мог. Приходилось выбирать между двумя родными братьями - Карлом Бурбоном и Луи Конде. Но первый всё-таки кардинал, к тому же явно не воин, хотя, вот как администратор не плохо управлял Парижем и вверенной ему Пикардией. Конде же – уже убежденный гугенот.
Появился и третий кандидат, что любопытно, тоже Бурбон – Шарль, принц Ла-Рош-сюр-Йон, тоже принц крови, причем с заслугами перед католической партией. Однако, в отличии от своего родного брата, Луи герцога Монпансье, который благодаря своему второму браку был сильно привязан к Гизам, он не имел слишком большой поддержки. Зато с королевой-матерью, у этого принца были неплохие отношения.
Ситуация заходила в тупик и вот тут у королевы Екатерины Медичи появился экстравагантный план. Отношения с кардиналом Бурбоном у нее были самые радушные. К тому ж оба они боролись за мир в королевстве, пусть каждый и по своим причинам: кардинала тяготил раскол в его доме, а королеву война отодвигала на второй план. Екатерина Медичи решила выйти замуж повторно и именно за Карла Бурбона.
Убедить последнего в необходимости такого брака не составило труда, за последние два года кардинал Бурбон, уже неоднократно не совсем по своей воле оказывался в центре событий. На предложение королевы он согласился легко – если уж так получается, почему и не попробовать стать первым лицом в королевстве? После короля, разумеется, хотя бы формально. Карл был не глуп и прекрасно понимал кто именно будет главным в предполагаемом браке.
Увы, этим надеждам кардинала не суждено было сбыться. Собственно говоря, он был бы не первым прелатом, освобожденным от обетов, но… Папа Римский Пий IV отказал в этом Карлу. Хотя многие ожидали, что понтифик согласится. Кардинал заручился поддержкой и Гизов, да в письмах короля Испании Филиппа II, как будто бы были обнадеживающие намеки. Однако Папа не нашел такое освобождение необходимым – разве это важный и срочный случай? У юного короля Франции Карла IX есть еще два брата, а кроме них еще имеются принцы-католики (например, те же Монпансье и Ла-Рош-сюр-Йон), запас наследников у Франции есть.
А Екатерина Медичи быстро забыла о своих матримониальных планах, найдя другой способ удержаться у власти – провозгласив Карла IX совершеннолетним в 1563 году. Карл Бурбон был зол и на Папу, и на королеву, и вообще обманут в своих лучших ожиданиях. С другой стороны, вся эта странная история могла быть просто игрой королевы, которая тянула время, а замуж он и не собиралась на самом деле. Впрочем, как человек мягкий, кардинал совсем скоро простил королеве это непостоянство, к тому же всё равно – сама же она не могла вывести его из церкви, все претензии в любом случае к Папе Пию IV.