Петр основал город не на пустом болоте, как большинство почему-то думает. На самом деле, устье Невы было заселено и ранее.
В XII веке здесь предположительно находилось сторожевое укрепление на Невском пути. Потом в 1300 году на месте впадения Охты в Неву была построена шведская крепость Ландскрона. Просуществовав всего один год, она потом была взята новгородцами во главе с сыном Александра Невского князем Андреем Городецким, сожжена и разрушена.
Неизвестно сколько времени прошло, прежде чем устье Охты вновь было заселено, но в Писцовой книге Водской пятины 1500 года приводится первое описание здешних поселений (трёх деревень и сельца Усть-Охта, в котором было 18 дворов). А еще мы знаем, что инженер-фортификатор Ивана Грозного Иван Выродков совместно с П. Петровым в 1557 году руководил строительством порта-крепости в устье реки Невы.
В документе, датируемом 1599—1601 годами, упоминается наличие в городке Невское устье Государева гостиного двора, корабельной пристани и православного храма. Кроме того, говорится, что в городке жили «волостные люди».
После Смутного времени эти земли отошли шведам. Захваченное русское поселение послужило основой городу, который в начале XVII века был здесь построен шведами, и даже дало ему своё название: поскольку шведское слово «nyen» и значит «невский», оно употреблялось по отношению к русскому поселению ещё до захвата Приневья.
В городе Ниен, который образовался у стен крепости, к середине XVII в. проживало около 2000 человек. Это были шведы, немцы, русские и финны, занимавшиеся торговлей, ремёслами, земледелием, рыболовством и судовождением. В центре его располагались ратуша, две лютеранские кирхи, школа, порт и торговая площадь. Православное население окормлялось в селе Спасском, располагавшемся в районе современного Смольного собора и населённом русскими и ижорцами.
В окрестностях города размещались госпиталь, кирпичные заводы и предприятия, связанные с судостроением.
В ходе Северной войны в мае 1703 года Петр берет Ниеншанц, переименовывает его в Шлотбург (замок-город). Надо сказать, что после взятия Шлиссельбурга шведский комендант города Иван Опалев (потомок новгородского княжеского рода, его предки перешли в шведское подданство после Смуты) приказал сжечь Ниен, а жителей отправить в Выборг.
После недолгих раздумий о том, закрепляться ли на старом месте, либо выбрать новое, Петр решает заложить Петропавловскую крепость на Заячем острове. Именно с этого момента принято считать историю Петербурга.
Но, как мы видим, люди здесь жили и ранее.
