Одной из ключевых проблем Российской империи при императрице Елизавете были отношения с народами, которые не исповедовали христианскую веру. Это были мордва, калмыки и чуваши. Не все были готовы её принять. Так, на востоке архиерею Димитрию не удавалось установить хороших отношений с мордвой. Когда в деревнях Романиха, Березниковая, Клюиха собрался народ, а в село Сарлей прибыл поп, чтобы крестить желающих, то люди совершили на него нападение. Когда для спасения попа и его команды направили группу людей, то её начальник ответил, что с таким количеством недовольных людей справиться они не смогут.
Тогда к ним на помощь отправилось 75 человек, во главе которых стоял драгун Иван Аксаков. Только после этого мордва приняла крещение. Но вскоре народ сообщил Елизавете, что епископ насильно принуждает их принять чуждую веру, и избивает людей, которые не хотят делать этого, а также уничтожает их кладбища. Схожие известия поступали к императрице и насчёт игумена Неофита и его дьяков, которые занимались насилием. Что касается чувашей, то они охотнее принимали новую для себя веру. Многие из них после этого становились князьями, основывая новые фамилии.
Так получилось, что христианство стали распространять на востоке, а на западе старались защитить православие. Например, многие дворяне из России отправлялись обучаться в Париж, но там не было православных священников, и потому императрица решила, что следует отправить церковную утварь и православных служителей церкви во Францию.
Синод был также обеспокоен сектой вертящихся, которая была похожа на движение квакеров. Была учреждена следственная комиссия, так как последователей данной секты обнаруживалось всё больше и больше. В этот же период, армянам было строго запрещено проводить богослужение в их церквях.
Члены Синода также стали пересматривать Библию, но в 1744 году этот пересмотр сильно замедлился, так как старший его член, Амвросий Юшкевич решил прекратить его. В результате, дело затянулось ещё на несколько лет. В то же время Елизавета решила, что в придворной церкви проповедники должны учить проповеди наизусть, а не читать их перед прихожанами.
Также Елизавета приняла решение, которое было связано с цензурой церковных книг. Теперь можно было отбирать лишь те книги, привозимые из Европы, в которых не содержалось вреда для православия. Данный приказ касался только церковной литературы, в то время как историческую и прочую было решено допускать, не проверяя.
