За два дня до погромов в Дубоссарах исчез, а потом был найден убитым четырнадцатилетний подросток Михаил Рыбаченко. Газета "Бессарабец" начала тиражировать слухи о том, что убийство якобы имело ритуальную подоплеку. Статьи спровоцировали волнения среди жителей Кишинева, еще больше усилив предрассудки в отношении евреев.
Еврейская община города, встревоженная взрывоопасной атмосферой, обратилась к администрации губернии и к епископу Кишиневскому и Хотинскому Иакову с просьбой о помощи. Люди просили власти выступить против кровавого навета и успокоить общество. Бессарабский губернатор Викентий Раабен усилил патрули, но этих мер оказалось недостаточно.
Погромы 6-7 апреля
Первые камни в дома, где проживали евреи, полетели на последний день еврейской Пасхи и в первый день Пасхи православной — днем в воскресенье, 6 апреля (по старому стилю). В результате беспорядков были задержаны 60 человек.
Однако к утру 7 апреля новость о событиях в Кишиневе достигла предместий города. Противостояние приобрело более острый характер.
Евреи и сочувствовавшие им христиане перешли к самообороне. Основное противостояние развернулось в нижней части нынешнего старого Кишинева.
Как указывалось в обвинительном приговоре по делу о беспорядках, к часу дня "насилия над евреями принимали все более и более тяжелый характер", сопровождаясь "целым рядом убийств". К двум-трем часам дня погром охватил большую часть города.
7 апреля днем погром был подавлен силами городского гарнизона. Во время беспорядков были убиты 49 человек, пострадали 586 человек, было повреждено 1500 домов.
Печальным событиям в Кишиневе начала ХХ века посвящен очерк Владимира Короленко "Дом №13". В нем описано, что происходило на улице Азиатской, где убили несколько человек во время погрома.