С начала войны Барклай фактически был главнокомандующим русских армий. Поскольку царь Александр I не желал быть виновником отступления, не сулившим славы, он решил возложить эту ношу на Барклая. И вот, совершая мудрое отступление вглубь страны, на генерала посыпалось...
После сдачи Смоленска к Барклаю явился казачий атаман Платов в простом плаще, заявив, что никогда больше не наденет русского мундира, «так как это стало позорным».
Как-то подъехав к солдатскому бивуаку, на дежурный вопрос: «Хороша ли каша?» Барклай получил дерзкий ответ: «Хороша, да не за что нас кормят». Дальше – больше: проезжая мимо одного из полков, он услышал себе вдогонку солдатское: «Смотрите! Смотрите! Вот едет изменщик!», затем последовала нецензурная брань.
Среди генералитета все громче звучали голоса, требовавшие немедленной смены командующего. Ходили слухи, что якобы начальник артиллерии генерал А. И. Кутайсов от имени ряда энергично настроенных военачальников решился просить Барклая прекратить отступать. Барклай хладнокровно парировал дерзость низшего по чину и должности: «Пусть всякий делает свое дело, а я сделаю свое!».
Великий князь Константин Павлович на пару с Беннигсеном интриговал против Барклая, открыто обвиняя его в измене. «Не русская кровь течет в том, кто нами командует. А мы, и больно, должны слушать его», – восклицал он якобы перед толпой жителей Смоленска, когда армия покидала город.
В другой раз цесаревич как командир гвардейского корпуса 1-й армии неожиданно пришел к Барклаю и грубо заорал, что у «немца, изменника и подлеца, продающего Россию, больше под командой он состоять не будет и со всеми своими гвардейцами переходит под начало Багратиона». Последовала нецензурная брань, и присутствовавшие пожалели, что оказались ее свидетелями.
Сам Барклай все молча выслушал и через два часа после происшествия предписал великому князю, своему подчиненному, немедленно сдать корпус и отправиться со срочным пакетом в Петербург к императору. Константину Павловичу, который совсем недавно похвалялся перед своей свитой, как он «ловко “немца” отделал», пришлось отбыть на рандеву к Александру I.
После сдачи Смоленска Петр Багратион писал царю, характеризуя Барклая: «подлец, мерзавец, тварь».
Во вовремя Бородинской битвы в критический момент сражения Барклай-де-Толли собрал для защиты Курганной высоты элиту своих войск: Преображенский, Семеновский, Конногвардейский и Кавалергардский полки. Лично водя в атаку кавалерийские корпуса, Барклай появлялся в самых опасных местах в центре русской позиции. Казалось, он искал смерти.
Под ним было убито 5 лошадей. 7 из 8 сопровождавших его адъютантов были убиты или серьезно ранены. Сам Барклай дважды едва не был захвачен в плен польскими уланами. К концу того ужасного дня его почерневший от пороховой гари парадный мундир был забрызган кровью с головы до ног. Барклай писал императору:
«26 августа не сбылось мое пламенное желание: Провидение пощадило жизнь, которая меня тяготит»
Ряд военных историков считают, что при почти полной инертности Кутузова и после смертельного ранения Багратиона именно Барклай с его природным хладнокровием оказался той светлой головой, что руководила непосредственно на поле боя и не дала Наполеону окончательно опрокинуть левый фланг русской армии и прорвать центр.
Если до Бородина войска отказывались приветствовать Барклая, считая его главным виновником отступления, равносильного для них поражению. Теперь, видя его спокойствие, энергию и бесстрашие, они восторженно приветствовали его, как бы инстинктивно поняв свою прежнюю неправоту. Барклай стал настоящим героем генерального сражения, он единственный среди генералов получил от императора орден Св. Георгия 2-й степени.
В письме своей жене генерал писал:
«Если в Бородинском сражении армия не была полностью и окончательно разбита – это моя заслуга, и убеждение в этом будет служить мне утешением до последней минуты жизни»
После назначения Кутузова на пост главнокомандующего Александр I подписал еще один указ – об увольнении Барклая с должности военного министра. Поэтому Кутузов мог свободно игнорировать советы предшественника.
Разногласия достигли апогея во время отступления из Москвы. 1-я и 2-я армии оказались слиты в одну, и генерал Барклай попал в двусмысленное положение. Формально сохраняя пост, он был фактически отстранен от управления войсками. После того как Барклай узнал, что Кутузов в своем письме Александру I обвинил его в сдаче Смоленска и плачевном состоянии войск, хладнокровие наконец изменило ему.
В конце сентября он написал прошение об отставке, сославшись на нездоровье:
«Я твердо решился лучше впасть в бедность, от которой я не избавился во время моей службы, нежели продолжать службу… Я надеюсь, однако, что беспристрастное потомство произнесет суд с большей справедливостью»