Сразу короткий ответ- НЕТ.
а теперь обсудим, почему же не делать, когда я сама ежедневно повторяю, как важны бактерии в кишке, чтобы иммунная система работала хорошо и не доставляла хронических проблем.
Если коротко, то вы бы отправили своего малыша 3 лет в армию служить? очевидно ответ-НЕТ, несмотря на то, что он мальчик, и как бы по закону должен отслужить год. Но в 3 года ему там не место. Точно также с анализом на микробиоту: на сегодня это пока только трехлетний ребенок, которые потом, в будущем, вырастет в потенциального защитника.
Теперь длиннее и по-существу:
Сегодня мы огромные ресурсы бросили на исследование микробиома, соответственно у нас множество результатов, которые есть огромный соблазн сразу же внедрить в практику. Потому что мы все также мечтаем о волшебной таблетке, но это ладно, мы все ищем волшебную причину наших невзгод, желательно одну на все болезни, и еще желательно, причину "натуральную". А бактерии кишки– это очень натурально.
Несмотря на то, что исследования нам определили общую сигнатуру (паттерн, соотношение) при всех не связанных между собой заболеваниях (например, рак, сердечно-сосудистые заболевания, желудочно-кишечные заболевания, нервно-психические расстройства, проблемы с кожей и аутоиммунные расстройства), причинно-следственная связь остается в основном нераскрытой.
Что это значит?
Мы исследовали бактерии кишки при болезни и увидели, что пациентам характерен определенный состав микробиоты при той или иной болезни. Когда я говорю "состав"– речь об общем соотношении тех или иных классов бактерий. НО! мы совершенно не знаем, является ли этот измененный состав ПРИЧИНОЙ болезни, и есть ли в принципе ПРЯМАЯ связь между этим составом и развитием болезни. Это сложно осознать обывателю, но это главнейший вопрос науки и стартовая точка для применения чего-либо в медицине- причинно-следственная связь.
Сегодня у нас выделены признаки "измененного" микробиота ( именно измененного, не больного):
- Низкое микробное богатство или разнообразие,
- истощение/недостаток бактерий, вырабатывающих короткоцепочечные жирные кислоты
- нестабильность состава с течением времени.
НО тут важно понимать, что снижение разнообразия– это не всегда плохо и не всегда болезнь и не всегда дерегуляция. Например новорожденный на ГВ имеет очень однобокую флору, продиктованную ГВ и надобностью расщепления олигосахаридов грудного молока. Или тот, кто ест в основном растительную пищу также будет иметь скудное микробное разнообразие, будет обогащение микробами, участвующими в расщеплении растительных углеводов, но это необязательно будет являться негативным признаком здоровья.
Микробиом кишечника уникален для каждого человека и является относительно стабильным и устойчивым, именно поэтому нам трудно предсказать, получит ли кто-то пользу от конкретного состава микробиома кишечника или от изменения текущего микробиома кишечника на новый состав.
Этот вопрос по-прежнему открыт.
Какие есть анализы на микробиом?
Сегодня анализ микробиома кишечника основан на
- выделении микробов с помощью культурально-зависимой характеристики (то есть бактерии сеят и выращивают и смотрят/анализируют)
- и выделении ДНК с помощью культурально-независимой характеристики (для этого нам не нужно выращивать бактерии)
Тесты на основе культуры являются неточными, поскольку они отдают предпочтение кислородолюбивым бактериям, большинство из которых являются патогенами, и при этом пропускают бактерии, растущие без кислорода, к которым относится подавляющее большинство комменсалов кишечника. Чтобы преодолеть это ограничение, разрабатываются новые технологии, такие как культуромика (высокопроизводительная культура клеток бактерий), позволяющие выделить анаэробные микробы из кишечника человека.
Также такой момент: если бактерия легко растет в культуре, быстро и красочно– это не значит, что это самый многочисленный микроб в кишке и он точно также растет активно в кишке. НЕТ. Просто культурная среда ему подходит и условия подходят лабораторные- вот он и растет. В кишке, со своими друзьями вокруг, с различными активными молекулами иммунной системы и другими метаболическими веществами- ситуация может быть вообще обратной.
- секвенирование генов 16S рибосомальной РНК (исследует бактерии и археи), определяет Род (или вид) бактерий, в зависимости от местоположения. Цена ошибки– высокая или средняя (полученный таксономический состав зависит от выбранных праймеров и целевой области переменных). нет информации о функциональности бактерий.
- или секвенирование всего метагенома, причем последнее позволяет сделать вывод о функциях микробиоты кишечника. (исследует не только бактерии, но и вирусы), определяет Виды бактерий (иногда штаммы). Цена ошибки- низкая. Есть информация о функциональности бактерий (что именно они делают и какие гены у бактерий активны и что они потенциально могут производить в кишке)
Также возможно измерение метаболических продуктов микробиома в стуле или сыворотке крови с помощью метаболомных методов, хотя этот подход в основном используется в исследовательских целях ( хотя в России Осипов выведен в коммерцию, но в других странах это все же больше исследовательские цели). Несмотря на логичность метода, большинство метаболитов остаются за пределами результатов, мы их просто не определяем, тк определяем очень куцый список. И сегодня все организации кричат о том, что этот метод не представляет ценности в медицине, особенно, когда есть другие методы, что перечислены выше ( на основе ген материала).
Глобально сегодня используемые в массах тесты сосредоточены на токсономии: всем интересно узнать названия бактерий. Но это слишком мизерная информация, не представляющая большой ценности для диагностики и прогнозов или лечения.
Микробиомное тестирование все еще находится в зачаточном состоянии.
Это трехлетка, которого народ хочет отправить в армию "прям щас".
- Ученые еще не определили здоровый или нормальный микробиом кишечника, который может надежно предсказать, разовьется ли у человека то или иное заболевание.
- У нас нет никакого четкого ранжирования сколько кого должно быть в здоровой кишке. Этот параметр гуляет чрезвычайно и норм для него НЕТ, чтобы не писал анализ по осипову.
- Полагаться на образцы кала для изучения микробиома кишечника неточно, так как микробиом в кале не отражает в точности микробиом на слизистой оболочке кишечника.
- Микробиом кала стабилен во времени и отличается от микробиома слизистой оболочки, который меняется в зависимости от каждого участка желудочно-кишечного тракта.
- Некоторые коммерческие отчеты о тестировании микробиома описывают профиль микробиома кишечника пациента в терминах "хороших" и "плохих" бактерий. Поведение конкретного микроба в кишечнике зависит от среды, в которой он живет (о чем я писала выше), и от взаимодействия с другими видами микроорганизмов. Например, некоторые люди являются бессимптомными носителями потенциальных патогенов Clostridioides difficile и отлично себя чувствуют, все живут дружно внутри их кишечника.
- То, что коммерческий тест на микробиом предоставляет большой объем информации, не является показателем его надежности. Примерно 20% последовательностей бактериальных генов не идентифицированы, а более 40% из 10 миллионов микробных генов имеют функции, которые нам неизвестны, мы просто не знаем что это и зачем. 40%, вдумайтесь!
Соответственно наука о том, как использовать диету или пищевые добавки для коррекции конкретных уровней микробных метаболитов, еще просто не создана и в ближайшие годы точно не появится, ибо слишком много белых пятен.
Сегодня анализ кала на микробиом НЕ дает важной информации о выраженности симптомов желудочно-кишечного тракта, а именно симптоматика является тем самым маяком для врача, что ведет его в ту или иную сторону принятия клинических решений. Ценность анализа микробиома в рутине очень ограниченна на сегодня.
И что же, никогда?
Конечно когда-нибудь.
Сегодня некоторые потенциальные применения анализов микробиома, которые появляются, но еще не готовы к использованию в рутине, включают использование специфических микробных сигнатур кала для прогнозирования того, какие пациенты будут лучше реагировать на те или иные вмешательства.
Например, некоторые исследования показали, что микробиом кишечника может помочь отличить тех, кто отвечает или не отвечает на диетические вмешательства у пациентов с синдромом раздраженного кишечника или ожирением или ответом на глюкозу. Одно из обширных исследований включало 800 здоровых человек, которым в течение недели в первый прием пищи давали 50 г углеводов и брали анализ крови, ну и анализ микробиоты, и нашли корреляцию: Повышенный постпрандиальный гликемический ответ положительно коррелировал с лицами, имеющими более высокий уровень определенных групп бактерий, таких как Proteobacteria, Enterobacteriaceae и Actinobacteria, в то время как Clostridia и Prevotellaceae были связаны с более низким постпрандиальным гликемическим ответом участников. Состав микробиоты кишечника в большей степени предсказывал реакцию человека на сахар в крови после приема пищи, чем содержание калорий или углеводов. Это просто один из примеров, как это исследуют и какого уровня информацию получают - корреляция.
Другие пилотные исследования показали потенциал микробных сигнатур кала для прогнозирования ответа на биологическое лечение у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника и др.
Но сегодня еще не пришло их время, слишком рано, слишком большой недостаток информации у нас, ученых, чтобы можно было дать зеленый свет и отмашку-делайте. НЕТ, не делайте. На сегодня у нас есть несколько конкретных анализов, типа эластазы кала, жиры кала или кальпротектин, которых более чем достаточно для принятия решений и диагностики в заданных контекстных рамках.
Мы пытаемся выделить и связать какие-то болезни с определенными микробами, но каждый раз сталкиваемся с одним и тем же: что первичнее яйцо или курица? Для этого нужны масштабные большие исследования, протяженные во времени, чтобы проследить изменения от точки ноль здорового человека до точки X развития заболевания или не развития. Таких исследований еще не было проведено.
Да, есть трансплантация кала, НО это всегда в рамках клинических исследований, конкретно точно по каждому пациенту, без гарантии успеха, когда уже ничего не помогает. Да, это наше будущее, но пока это не поток и не рутина. Пока это все эксперимент. И мы до сих пор не знаем точно, что конкретно мы меняем и меняем ли трансплантацией. Да, процедура убирает критическое состояние пациента с инфекцией клостридией, но что дальше? дальше похоже все возращается на круги своя, как только пациент возвращается в свою среду обитания из больничного режима. Это тоже предмет будущих исследований.
Микробиот отражает среду в которой мы живем. Он индивидуален. Потому "здоровый" микробиом человека, живущего в США, может быть нездоровым для человека, живущего в Китае или России или на северном полюсе.
Тамара Дюкер, диетолог и специалист по фудмап, человек, который с утра до вечера занимается СРК и прочими гастро расстройствами, рассказывает:
Результаты анализа микробиома кала одной из моих пациенток предупредили ее (тревожным красным шрифтом), что у нее высокое относительное обилие бактерий рода/вида Escherichia coli, утверждая, что это подвергает ее высокому риску развития синдрома раздраженного кишечника (СРК). Многие из нас знакомы с кишечной палочкой по сообщениям СМИ об угрожающих жизни вспышках пищевых отравлений и по понятным причинам испугались бы, если бы подумали, что у нас в кишечнике живет много этих бактерий.
Проблема в том, что простое знание рода бактерии и ее относительной распространенности в кишке НЕ несет практической пользы для клинического анализа. Это связано с тем, что каждый род может иметь широкий спектр штаммов, которые отличаются друг от друга геномно. Например, существуют тысячи геномов кишечной палочки, которые были секвенированы ... по крайней мере, один штамм считается пробиотиком, а другие могут вызывать изнурительные заболевания,- говорит нам доктор Дэниел Макдональд, научный руководитель проекта "Американский кишечник" в Школе медицины Калифорнийского университета в Сан-Диего.
Другими словами, в рамках зонтика кишечной палочки существуют полезные пробиотические штаммы, "комменсальные" штаммы, которые не помогают и не вредят нам, и патогенные, или вызывающие заболевания, штаммы. И просто зная, что у вас много кишечной палочки– бесполезное знание в нынешних реалиях.
Какие штаммы были у моего пациента? Ее анализ кала ничего не сказал. Так является ли тот факт, что она является носителем большего количества неопределенной кишечной палочки по сравнению с произвольной эталонной микробиотой, на самом деле настолько проблематичным, как предполагает кричащий красный шрифт? Кто, черт возьми, знает? Даже если бы эти тесты обеспечили такой уровень детализации генома, который необходим для точного понимания того, какие существа у нас обитают, все равно необходимо провести гораздо больше исследований, чтобы понять, что делать с этой информацией,– продолжает Доктор Тамара Дюкер.
Даже если исследователи в конце концов обнаружат, что определенные кишечные бактерии действительно вызывают определенные заболевания, у нас все равно не будет научного понимания того, что с этим делать.
Не позволяйте на себе экспериментировать с целью заработка и обогащения. Сегодня ВСЕ врачи, предлагающие анализ микробиоты и последующее лечение нацеленное на его "коррекцию"– не ведают что творят и их цель- заработок, а не ваше здоровье. Они не углублены в материал, они НИЧЕГО не знают о проблеме микробиота и максимум, что в их "рационе книг"- это методичка школы превентэйдж или методичка анализа по Осипову.
ГРОМКОЕ ЧЕТКОЕ НЕТ анализу микробиоты СЕГОДНЯ.
ТОЛЬКО В РАМКАХ ИССЛЕДОВАНИЙ.
