В апреле 1944 г. началось долгожданное освобождение Крыма от германских и румынских оккупантов. Красная Армия в период с 8 апреля по 12 мая 1944 г. проводила Крымскую наступательную операцию («Третий Сталинский удар»). 13 апреля 1944 г. советские войска освободили Симферополь, а 9 мая 1944 г. советские войска освободили Севастополь. Красная Армия взяла убедительный реванш за поражение 1942 г. Потери германских и румынских войск составили 78.420 солдат и офицеров убитыми и 61.580 пленными. Красная Армия и Черноморский флот потеряли 17.754 солдат, матросов и офицеров убитыми и 67.065 ранеными.
В это же время шла ожесточенная война и на «невидимом фронте». Органы СМЕРШ в Крыму были представлены Управлением контрразведки СМЕРШ 4-го Украинского фронта под руководством генерал-майора Николая Кузьмича Ковальчука (1902-1972) и Отделом контрразведки СМЕРШ Отдельной Приморской армии под руководством генерал-майора Михаила Ильича Белкина (1901-1980). Соответственно в армиях, корпусах, дивизиях были отделы СМЕРШ. Отделом контрразведки СМЕРШ по Черноморскому флоту руководил генерал-майор береговых войск Николай Дмитриевич Ермолаев (1905-1958).
Накануне боёв в Крыму органы СМЕРШ частей и соединений Красной Армии и Черноморского флота были укомплектованы личным составом, руководили ими профессионалы с большим опытом работы в войсках, с контрразведывательным и военным образованием.
Хотя в 1944 г. сомнений в том, что войну выиграет Красная Армия уже не было германский Вермахт оставался грозным противником. Тоже можно было сказать и про спецслужбы Германии – они оставались сильным и грозным противником для СМЕРШ.
Абвер и СД интенсивно забрасывали свою агентуру через линию фронта, оставляли на освобождённых Красной Армией территориях законспирированные агентурные группы и агентов-диверсантов, националистическое подполье.
Оперативная обстановка в Крыму была сложной. Германский Абвер, румынская Сигуранца, карательные батальоны из крымских татар, многочисленная агентура противника из русских, украинцев, армян. Были и русские белогвардейцы из РОВС, и украинские националисты, и крымско-татарские националисты, и армянские националисты.
Управление контрразведки СМЕРШ 4-го Украинского фронта располагало данными о дислокации и деятельности на полуострове органов германских и румынских спецслужб в 1941-1944 гг., а также списками лиц, причастных к их деятельности. Специально созданные оперативные группы СМЕРШ из квалифицированных сотрудников, следовали с передовыми частями Красной Армии в те населённые пункты, где дислоцировались разведывательные и контрразведывательные органы противника. Чекистам помогали местные жители, которые знали в лицо вражеских пособников, испытали на себе их бесчинства в годы оккупации, а также агенты-опознаватели, ранее служившие противнику и добровольно изъявившие желание сотрудничать с советскими органами безопасности.
Абвер придал каждой германской группе армий абверкоманды, а армиям – абвергруппы, подчинённые этим командам. Они действовали против Красной Армии, партизан и антифашистского подполья на оккупированной советской территории, используя агентов-профессионалов, уголовников и националистов, белоэмигрантов и красноармейцев, перешедших на сторону врага.
Главный противник СМЕРШ в Крыму – абверкоманда «Нахрихтенбеобахтер» (НБО) –военно-морская абверкоманда с широко разветвлённой структурой. Задачи НБО состояли в сборе данных о советских военно-морских силах, разведке прибрежной полосы и глубокого тыла, организации диверсионно-террористических актов. В документах УКР СМЕРШ 4-го Украинского фронта НБО указана как «Черноморская абверкоманда».
Сотрудникам СМЕРШ предстояла нелёгкая работа по скорейшему выявлению и нейтрализации шпионов и диверсантов, «осевших» в Крыму. За время Крымской наступательной операции подразделения УКР СМЕРШ 4-го Украинского фронта получили информацию о деятельности на полуострове в годы оккупации абвергрупп 102, 106, 201, 202, 302, 304, 320, 322, установили и впоследствии арестовали 127 агентов противника. Среди них были 41 диверсант и разведчик, 5 радистов, 81 контрразведчик.
Наряду с разоблачением и нейтрализацией агентуры противника военные контрразведчики выявляли активных помощников оккупантов из местных жителей. По данным УКР СМЕРШ 4-го Украинского фронта от 2 мая 1944 г., был установлен и арестован 131 такой пособник врага. Например, 20 апреля 1944 г. сотрудники отдела СМЕРШ 3-й гвардейской стрелковой дивизии арестовали 10 бывших сотрудников Евпаторийского органа СД (службы безопасности). Все они в период оккупации Крыма участвовали в арестах и расстрелах партизан, проводили обыски местного населения.
За 20 дней апреля 1944 г. на сборно-призывные пункты и в запасные полки в Крыму поступили 44.754 человека, из них 29.101 проверила советская военная контрразведка, из их числа 15.845 направили для службы в Красную Армию, 12.000 были освобождены от призыва по причине болезни или брони. В отношении 3.135 человек были начаты расследования. Удалось установить свыше 500 сотрудников разведывательных, контрразведывательных, полицейских органов противника, 276 предателей и пособников, 237 старост, 1.069 участников различных добровольческих формирований, 604 служивших в регулярных немецких частях.
После того как советские войска очистили полуостров от врага, Отдельная Приморская армия дислоцировалась в Крыму, её контрразведывательные структуры продолжали работу по нейтрализации вражеских диверсантов и шпионов, основной задачей которых стало внедрение в советские органы власти и спецслужбы.
Результаты деятельности органов контрразведки СМЕРШ в ходе Крымской наступательной операции получили высокую оценку руководства СССР и ГУКР СМЕРШ. В числе её итогов – активное пресечение деятельности вражеской агентуры, выявление и нейтрализация значительного числа шпионов, диверсантов и пособников врага, а также ценная информация о немецких разведывательных и контрразведывательных структурах, эвакуированных с полуострова и продолжавших работу против Красной армии. Военные контрразведчики установили и тех, кого враг подготовил и направил из Крыма в другие районы для шпионажа и диверсий на фронте и в советском тылу. Их данные, разосланные по всем фронтам, препятствовали внедрению фашистских агентов в войска и тыловые учреждения, помогали советским спецслужбам выявлять и арестовывать их.