Строительство порта проходило в тяжелейших условиях, что не мешало строителям сдавать объекты раньше установленного правительством срока. В апреле 1944 года был сдан в эксплуатацию пирс №1, к нему была подведена железнодорожная ветка. Так открылось регулярное движение поездов на участке Ванино-Монгохто. 27 апреля к пирсу пришвартовался первый пароход «АРКОС».
С этого времени через порт стала поступать помощь из США и Канады для строительства железной дороги: паровозы серии «Е», рельсы, большегрузные платформы, строительная и транспортная техника, одежда и продовольствие.
Пирс №2 был сдан позже, в 1945 году и имел длину 400 метров и ширину 21 метр. Первым к пирсу №2 пришвартовался 21 июля 1945 года пароход «Смоленск» известный тем, что в 1934 году принимал участие в спасении легендарных челюскинцев. После начала эксплуатации порта нумерация пирсов изменилась: более мощный пирс №2 стал называться пирсом №1 и наоборот.
Принятая нумерация пирсов сохранилась и по сей день: пирс №1 расположен между причалами №7 и №9, пирс №2 (ныне отсутствующий) между причалами №5,6 и №7.
Одновременно у двух пирсов могли швартоваться четыре судна типа «Либерти» (длинна 135 метров, ширина 17,3 метра, водоизмещение 14 450 тонн).
Украшением бухты стало здание морского вокзала, в котором располагалось Управление порта. Здание морского вокзала располагалось в районе действующей в настоящее время проходной №2.
В мае 1945 года, с началом временной эксплуатации железнодорожной линии Комсомольск - Советская Гавань, открылась новая страница развития порта.
20 июля 1945 года в Ванинском порту состоялся торжественный митинг по случаю прибытия первого поезда из Пивани, на котором выступил генерал-майор Ф.А. Гвоздевский (начальник «Строительства №500 НКВД СССР).
Вместе со строительством причалов обустраивалась площадка, на которой расположилось путевое хозяйство, пакгаузы, автодороги, артезианская скважина с водонасосной станцией, паровозное депо с котельной и кузницей.
Сразу же после торжества на новой железной дороге начали поступать в порт военные эшелоны с боевой техникой и личным составом. От двух недавно построенных пирсов на кораблях и пароходах отправился десант для освобождения Сахалина и Курильских островов от японских захватчиков. Так новый порт внёс свой вклад в победу над Японией во Второй Мировой войне.
Новый Тихоокеанский порт коренным образом изменил условия транспортного обслуживания на северо-востоке страны, значительно сократил путь доставки грузов на Сахалин, Колыму, Чукотку и Камчатку.
Были в истории порта и печальные моменты. Зимой 1947 года началась история известной Ванинской пересылки. В бухте Ванина была организована перевалочная база «Дальстрой» НКВД СССР с пересыльными лагерями. Порт был передан из системы Морского флота в введение треста «Дальстрой» и от пирсов стали отшвартовываться пароходы с грузами и заключенными для многочисленных лагерей на Колыме и Заполярье… Только в апреле 1950 года порт был снова передан Министерству морского флота, разработана генеральная схема развития порта.