Нанопоровое секвенирование (Nanopore sequencing) хотя и относится формально к NGS (секвенированию нового поколения), но фактически представляет собой следующий этап развития технологии секвенирования нуклеиновых кислот.
Все предыдущие технологии основаны на непрямом определении последовательности, то есть включают в себя стадию синтеза на ДНК-матрице, в процессе которого происходит детекция встраиваемых нуклеотидов-мономеров. При этом процесс секвенирования включает стадию пробоподготовки (ПЦР, мечение образца и т.д.).
При нанопоровом секвенировании происходит чтение нуклеотидного состава непосредственно анализируемой молекулы, что приводит к упрощению процесса, уменьшению временных затрат (в первую очередь, на анализ результатов) и снижению его стоимости. Принцип нанопорового секвенирования заключается в перемещении анализируемой молекулы через нанопору и регистрации изменения в окружающем электрическом поле в процессе движения молекулы.
В настоящий момент для секвенирования используются нанопоровые структуры биологического происхождения, но при этом разрабатываются искусственные нанопоры на основе диоксида кремния, а также гибридные молекулы.
Только Oxford Nanopore может это:
- прямое чтение нуклеотидной последовательности цепей ДНК, РНК;
- длина прочтения ограничена только длиной фрагмента;
- наблюдение за ходом секвенирования в реальном времени дает возможность остановки процесса в любой момент при достаточном накоплении данных, при очевидных ошибках пробоподготовки или других сбоях в работе; интерпретацию сигналов (basecalling) и анализ данных можно проводить непосредственно в процессе секвенирования; простой алгоритм сборки полученных буквенных последовательностей;
- секвенирование в полевых условиях и в мобильных лабораториях — нет необходимости доставлять образцы в специализированную лабораторию;
- простая и быстрая подготовка библиотек — в течение 10 минут за 2 шага;
- оборудование не требует специальных навыков для инсталляции и обслуживания.
Более подробную информацию вы можете получить здесь.
