С началом советско-японской войны 9 августа 1945 г. и во время разгрома милитаристской Японии войска НКВД принимали активное участие в борьбе с группами противника в тылу советских войск. Личный состав показал при этом высокое профессиональное мастерство и проявил самоотверженность.
Например, 2-й батальон 289-го стрелкового полка войск НКВД при прочесывании местности встретился с группой японских войск численностью свыше тысячи человек. В течение шестичасового боя батальон разгромил врага. Японцы потеряли более 300 солдат и офицеров.
Войска НКВД принимали меры к очистке населенных пунктов от вражеских элементов. Это осуществлялось через членов местного самоуправления и агентуру. Они помогали выявлять скрывавшихся вражеских солдат, офицеров и негласных агентов полиции, жандармерии, активных членов реакционных организаций и задерживать их. У местного населения изымалось оружие, боеприпасы.
В целях сохранения от расхищения имущества, захваченного у противника, склады брались под охрану до передачи их тыловым органам. Войсками НКВД организовывалось патрулирование для поддержания порядка и охраны местных жителей от нападения бандитских групп, предотвращения случаев мародерства.
В ходе советско-японской войны войсками НКВД было занято 194 населенных пункта, в том числе города Сахалян, Айкунь, Уюнь, Шивей, Джурганхе, Мохе, Оупу и др. Эти действия личного состава войск активно поддерживались пограничными кораблями и катерами, а также пограничной авиацией.
Таким образом, личный состав войск НКВД в годы Великой Отечественной войны и в период советско-японской войны принял активное участие в боевых действиях с противником. Соединения и воинские части войск НКВД привлекались к ведению оборонительных и наступательных боев, участвовали в обороне крупных городов и районов обороны.
Всего в боях на советско-германском фронте и в советско-японской войне с различной продолжительностью участвовали 58 дивизий и 23 бригады войск НКВД СССР.