Неолит в Египет пришёл с необъяснимой задержкой. После завершения земледельческого «эксперимента» североафриканские племена надолго вернулись к кочевой охотничьей жизни.
Каданская культура, в которой можно условно объединить многие мезолитические культуры доисторического Верхнего Египта, после того как прервала свой земледельческий эксперимент, вернулась к охоте и рыболовству. Что впрочем, не помешало её представителям населять долину Нила примерно до 9 000 гг. до н. э. А вот затем, в египетской части долины Нила последовал загадочный период запустения, когда на протяжении трёх тысяч лет, с 9 000 по 6 000 гг. до н. э., в ней отсутствуют какие-либо следы человеческой деятельности.
Разумеется, окрестности Нила не полностью обезлюдили, но и в западных и в восточных пустынях, точнее на тот момент саваннах, так же наблюдалась необычная малолюдность.
Например, харифская культура кочевавшая между 8 800 — 8 200 гг. до н. э., на севере Синая и в западном Негеве, мигрировала туда несколько ранее 8 800 гг. до н.э. из Фаюма и восточных районов Египта и Синая.
В Ливийской пустыне, прилегающей к долине Нила, так же не найдено почти никаких следов пребывания человека. Только в западной её части, ближе к современной Ливии и западнее, продолжается размеренная кочевая жизнь охотников.
Конечно, можно объяснить это аллювиальными наносами, то есть речными отложениями, выбрасываемыми знаменитыми нильскими разливами, которые и погребли под собой остатки стоянок первобытных людей за этот период. Но как быть со стоянками всё той же каданской культуры и предшествующих ей культур? Их-то благополучно нашли.
Ухудшением климата падение численности населения так же трудно объяснить. За три тысячи лет он успел поменяться несколько раз в противоположные стороны. Примерно с 7 500 по 3 500 гг. до н.э. в Северной Африке царил неолитический субплювиал, последний период «зелёной Сахары», во время которой регион имел влажный дождливый климат, и соответствующую богатую и разнообразную флору и фауну, впрочем, перемежевавшийся периодическими засухами.
Этот культурный разрыв между египетскими эпипалеотическими и неолитическими культурами пока что так и не имеет убедительного объяснения.
Неолит в долине Нила впервые появляется вообще не в египетской её части, а южнее, на территории современного Судана, в районе слияния Белого и Голубого Нила.
В Верхний Египет новые люди пришли из окружавшей Нил будущей нубийской пустыни. Первые сезонные поселения ещё охотников появляются в Набта-Плайя и Бир-Кисеба в сотне километров к западу от Абу-Симбела приблизительно в 7 500 гг. до н. э. К 7 тысячелетия до н.э. поселения постепенно превращаются в настоящие постоянные деревни с глинобитными домами, улицами, колодцами и амбарами. В Набта-Плайя обнаружена также уникальна керамика, которая была самостоятельным изобретением данной культуры, наиболее ранние образцы, которой относятся к 6 тыс. до н. э.
В том же 6 тыс. до н. э. в Набта-Плайя развивается религиозный культ с жертвоприношениями крупного рогатого скота, который погребался в курганных камерах, перекрытых каменными плитами, а так же возводятся мегалитические комплексы. Скотоводство, становится основным средством к существованию в окрестностях Набта-Плайя.
В середине 5 тысячелетия климат начал меняться: уровень осадков начал сокращаться, озера и источники стали пересыхать, саванны начали превращаться в современные пустыни. Опустынивание вынудило людей мигрировать из окрестностей Набта-Плайя в долину Нила.
В Нижний Египет охотники-собиратели начали возвращаться из Ливийской пустыни на рубеже 7 – 6 тысячелетия. Первые сезонные стоянки карунийской культуры (называемой также фаюмская культура В, но отличаемая от фаюмской культуры А) появляются на берегах Фаюмского озера приблизительно в 6 000 гг. до н. э. и пребывают там на протяжении большей части 6 тысячелетия до н. э. Карунийцы ещё оставались кочевыми охотниками-собирателями, жившими в основном рыбной ловлей, в меньшей степени охотой на диких животных и сбором дикорастущих растений.
После небольшого перерыва в сто-двести лет в конце 6 тысячелетия до н. э., приблизительно в 5 200 гг. до н. э. берега Фаюмского озера заселяет фаюмская культура А (далее просто фаюмская), в той или иной степени произошедшая от карунийской культуры. Фаюмская культура первой в Нижнем Египте начинает осваивать земледелие и скотоводство. Выращивались пшеница, ячмень и лён. До сих пор, не ясно велась ли какая-либо обработка почвы, или семена растений просто дополнительно вбрасывались в высыхающий после разлива ил. Для сбора и хранения злаков использовались серпы, с лезвием из кремниевых вкладышей, и ямы зернохранилища, обмазанные глиной и заполненные плетёнными из тростника корзинами и закрытые плоскими глиняными крышками. Из одомашненных животных содержались собаки, козы, овцы, крупный рогатый скот.
Несмотря на развивающееся сельское хозяйство фаюмцы ещё во многом оставались кочевниками, частично сезонно меняя место жительства. Помимо более-менее постоянных поселений, имелись сезонные охотничьи и пастушеские лагеря. По-видимому, это связано с тем, что рыболовство и охота имели большее значение в хозяйстве фаюмцев, чем земледелие и скотоводство. Сезонные лагеря функционировали в сухие периоды года, т. е. весной-летом. В осенне-зимний сезон население собиралось в постоянных поселениях, расположенных на возвышенностях. В эти периоды люди занимались земледелием. Тогда как рыболовством занимались круглый год. Главным объектом рыбалки являлся сом, которого били гарпуном с тростниковой лодки.
В постоянных поселениях хранились запасы собранных злаков, серпы и зернотёрки. Жителями ткались первые льняные полотна (на стоянках были найдены дискообразные веретена) и изготовлялись грубые керамические миски, горшки, чашки на ножках, плоские прямоугольные блюда.
Успешное существование фаюмской культуры продолжалось, до завершения неолитического субплювиала, в конце 5 тысячелетия до н. э. Начавшееся опустынивание Ливии, начало выдавливать земледельцев в долину и дельту Нила. Фаюмскую же культуру сменила пустынная Моэрийская. Файюмское озеро было надолго оставлено для земледелия.
