Тем, что во фразовых глаголах смысл первоначального глагола, как правило, меняется, зачастую – радикально, например:
I came home at five – Я пришёл домой в пять
I came across an interesting website yesterday – Вчера я наткнулся на интересный сайт
В первом примере мы имеем дело с обычным глаголом come – приходить, приезжать, во втором – с фразовым глаголом to come across smb/smth – случайно встретить кого-л./что-л., наткнуться на что-л., столкнуться с чем-л.
При этом смысл глагола come во фразовом глаголе come across радикально изменился.
Иными словами, фразовый глагол – это не просто сочетание обычного глагола, с одной стороны, и наречия и (или) предлога – с другой, а такая их комбинация, при которой образуется новый смысл.
Вот ещё примеры (попарно):
to find smth – найти что-л. (обычный глагол)
to find out smth – выяснить, узнать, разузнать что-л. (фразовый глагол)
to catch smb – поймать кого-л. (обычный глагол)
to catch up with smb – догнать кого-л. (фразовый глагол)
to look at smth – смотреть на что-л. (обычный глагол)
to look forward to smth – с нетерпением ожидать чего-л. (фразовый глагол)
Последний пример интересен тем, что фразовый глагол образуется при помощи одновременно наречия и предлога: forward + to. Такое часто бывает.
Эту тему мы давно объяснили здесь. Это тоже, кстати, наш сайт – в дополнение к основному.