Именно работа с признаками - это большое преимущество Winclada перед TNT. Если в TNT работа с признаками местами не совсем логична и отображение результатов вызывает много вопросов, то в Winclada постарались сделать так, чтобы эта часть работы с филогенией была максимально удобной.
Развесить признаки очень просто. На картинке обведены красным три кнопки. При нажатии первой - появляются все апоморфии в виде кружочков. Как я уже упоминала до этого, черные кружки обозначают строгие или уникальные апоморфии, то есть состояние появляется на филогении один раз. Белые кружки - это неуникальные апоморфии или плезиоморфии, то есть эти состояния появляются на филогении более одного раза. После нажатия второй кнопки появляются числа, соответствующие признакам в матрице (над кружками). И третья кнопка отображает состояния этих признаков (под кружками).
В таком состоянии филогению можно сохранить в формате .emf и дальше обработать в графическом редакторе для публикации. Будет более презентабельно, если таксоны будут выравнены (как описано в предыдущей статье) (View-Tree Style-Align Taxa).
Полезная функция - отслеживание состояний. Этот режим включает четвертая кнопка слева под главным меню (белый крестик на голубом фоне). На картинке к ней подведена красная линия.
После нажатия этой кнопки появляется окно с первым признаком. Кнопка SCALE увеличивает это окно, можно нажать на него, чтобы было удобнее работать. В данном случае нумерация начинается с нуля. Кнопки Prev и Next листают признаки назад и вперед. В окошко Go to Char можно ввести номер признака, который сейчас интересен, и сразу же перейти к нему. Ниже можно по-разному оптимизировать признак, отметив галкой unamb, fast, slow. Что такое "force" я, честно признаюсь, не знаю, и пользуюсь только unambigous optimization (про оптимизацию подробно здесь). Еще ниже длина (L), а также коэффициенты CI и RI. И в нижней половине окна - легенда, где признаки отмечены цветами. Таксоны на филогении раскрашены в цвета соответствующих состояний. Таким образом очень легко посмотреть распределение для всех признаков, и понять, какие признаки формируют строгие апоморфии, а какие образуют гомоплазий и стоит задуматься о том, чтобы такие признаки либо удалить, либо переформулировать.
На следующей филогении один из таких гомопластичных признаков.
Но мне пришлось его оставить, поскольку я тестировала монофилию трибы, и как раз для этой трибы одно из состояний этого признака использовалось для диагноза.
Нажав на Optimization в основном меню, можно выбрать оптимизацию для всех признаков.
И еще одна полезная вещь, которая умеет Winclada - это деактивация признаков. Иными словами, если вы увидели, что какой-то признак формирует слишком много гомоплазий или чем-то еще вам не нравится, то можно его не удалять совсем, а просто деактивировать, и построить филогению без него. Если же вы поймете, что его можно оставить, то можно его опять активировать. Это довольно удобно, и не надо сохранять отдельную копию матрицы для подобных целей.
Для этого надо открыть матрицу в Winclada. Затем выбрать нужный признак, подвести к нему курсор и дважды нажать на него, он должен выделиться желтым.
Затем надо в главном меню выбрать Chars, и в выпадающем меню Deactivate Selected Chars. Разумеется, вы можете одновременно выделить более одного признака. После этого можно запускать анализ.
Если признак вам все же нужен, то в том же выпадающем меню есть опция Activate Selected chars. Вообще в Winclada можно удалять и редактировать признаки и состояния, однако мне кажется это не очень удобным.
