Давний спор ненцев, хантов и манси из-за промысловых территорий обострился в 17 веке в условиях «малого ледникового периода». К тому времени все три народа считались подданными России, но учитывая удаленность территории и суровый климат, первые Романовы воздерживались от вмешательства в кровопролитный конфликт. Малочисленный русский гарнизон в Обдорске (совр. Салехард) также ничего не предпринял.
Вооруженные столкновения аборигенов отличались крайней жестокостью. К тому времени оленеводство еще не было развито, и соперничество шло за охотничьи и угодья и места рыбной ловли. При возможности воины противника вырезали всех вплоть до женщин и детей. У хантов существовал обычай нанизывать головы убитых ненцев на колья и выставлять на видном месте для устрашения неприятеля. Продвинувшись вплоть до устья Оби, ханты разъединили ненцев, проживавших к востоку и к западу от реки. По данным российских источников, примирение между хантами и ненцами было унизительным для последних. Из числа ненцев выбрали мужчину, которого затем съели. При приближении хантов ненцам предписывалось падать на колени и стоять так, пока им не разрешат подняться. Полученные от ненцев вещи ханты считали нечистыми и подвергали ритуальному окуриванию.
В ход шла и хантыйская магия. Е. Перевалова рассказывает о пленном ненецком мальчике, которого похоронили на затапливаемом в половодье берегу реки, чтобы его сородичи никогда больше не возвращались в те места.
Преуспев к середине 17 века в оленеводстве, уже ненцы стали нападать на хантыйские стойбища. Нападения эти были молниеносны и приносили хантам много беспокойства. Впрочем, ни одна из сторон не могла добиться решающей победы, и при равенстве сил конфликты постепенно сошли на нет. Но даже в конце 19 века ненцы по старой памяти часто портили охотничьи ловушки хантов.
Конфликт ненцев с северными манси был столь же длителен и кровопролитен. В конце 1980-х годов проводник-манси показал этнографу И. Гемуеву святилище Сат-виклы на «Реке Духов». Находилось оно в труднодоступной таежной местности в 12 часа пути от ближайшего селения. В ходе поверхностных раскопок на святилище были найдены человеческие кости. По версии Гемуева они принадлежали принесенному в жертву ненецкому воину. Родившаяся в тех местах Е. Ромбандеева высказала иную версию, согласно которой найденные останки принадлежали мансийскому богатырю, погибшему в сражении с ненцами. По данным исследователя, В. Павловского, подобных святилищ было много, и человеческие жертвоприношения сохранялись в тайге и тундре на протяжении всего 18 века.
