Налоговый вычет по НДФЛ и налог для самозанятых никак не связаны между собой. Налог для самозанятых вернуть нельзя. Если вы работаете по найму и дополнительно работаете как самозанятый, то с доходов, которые получаете как наёмный сотрудник, сможете вернуть налог, как и раньше. Право на вычеты по НДФЛ остаётся.
На налоге для самозанятых тоже есть налоговый вычет. Дают его всем. Чтобы получить, дополнительно ничего делать не нужно. Но работает он по-другому. Налоговая предоставляет его автоматически: при расчёте вычитает 1% от налога, рассчитанного по ставке 4% с выплат от физических лиц, и вычитает 2% от суммы налога, рассчитанной по ставке 6% на выплаты от юридических лиц. Сумма вычета в любом случае не может превысить 10 000 рублей за всё время. То есть каждый месяц налоговая будет сама вычитать проценты до момента достижения суммы 10 000 рублей. Вам следить за превышением не нужно.
Если вы прекратите вести деятельность как самозанятый, а потом вновь решите вернуться, сумма налогового вычета не восстановиться, будете пользоваться остатком.
