В Российской империи господствующим вероисповеданием было православие. К остальным религиям, которые исповедовали "инородцы" - исламу, иудаизму, католицизму и буддизму относились терпимо. А вот к старообрядцам и сектантам применялись различного рода наказания.
Религиозная деятельность официальных религий определялись Уставами церквей неправославных исповеданий.
В православии со второй половины XIX века произошли коренные преобразования. Так, было отменено потомственное владение духовным званием. Поповичи как сословие исчезли. Изданный в 1869 г. Закон «Об устройстве детей лиц православного духовенства» следующим образом определял их статус:
«Дети лиц православного духовенства не принадлежат к духовному званию, показываясь только для сведения в послужных списках их отцов», и им предписывалось «приписаться к городскому или сельскому обществу». Однако права этих детей на образование в духовных учебных заведениях, на определение в священно- и церковнослужители, на пособие от церковноприходских попечительств, оставались «на прежнем основании». Они освобождались от подушной подати и рекрутской повинности - Полное собрание законов Российской империи. Собрание второе // ПСЗ – 2. СПб., 1873. (Далее ПСЗ).
Жизнью мусульман Кавказа руководили созданные в 1872 г. Суннитское и Шиитское духовные управления, подведомственные царской администрации края. Департамент духовных дел иностранных исповеданий (ДДДИИ) Министерства внутренних дел оставался центральным правительственным органом, контролировавшим жизнь российского мусульманства. При надзоре над иноверцами основной задачей МВД и ДДДИИ как его подразделения была обязанность поддержания «принципа полной терпимости, насколько такая терпимость может согласоваться с интересами государственного порядка» - монография Ф.Кулиева "Основные изменения в конфессиональном законодательстве Российской империи во второй половине XIX начале XX в"
По отношению к старообрядчеству правительство проводило жесткую политику их унификации. Это плохо получалось, но священный Синод продолжал проводить политику репрессий против старообрядцев. Считалось, что старообрядчество готово присоединиться к официальной православной вере, но мешают только некоторые совратители, своим фанатизмом увлекающие массы. Конечно, такое воззрение приводило к поиску таких смутьянов и соответственно их каре.
Довольно жестко поступали и с римско-католическими духовными учреждениями. Так, все сношения с папским Римом проводились только через министерство внутренних дел. А постановления от Папы Римского могли осуществлять на территории Российской империи только, после получения разрешения от российского императора.
Таким образом, все церкви (в том числе и православная) находились под плотной опекой государства.
Поэтому, известный философ В.Соловьев просил у императора Николая II освободить православную церковь от чрезмерной опеки государства, мешающей ее преобразованию в соответствии с изменениями в духовной жизни большинства православных.
Какие-то попытки по преобразованию отношений государства и церкви делались, но они были неэффективными.
Одной из попыток реформации духовной жизни россиян был Манифест от 17 октября 1905 года "Об усовершенствовании государственного порядка", который даровал свободу выбора веры (и неверия). Правда после этого возникла правовая коллизия, когда Русская Православная Церковь (как государственная религия) попала в зависимость от Госдумы, где заседали депутаты разных вероисповеданий. И мусульманин с иудеем могли решать, какие законы от православной церкви одобрить или нет. Другие церкви при этом были свободны от депутатской опеки и руководствовались своими внутренними установлениями.