На настоящий момент, генетическое тестирование может выявить конкретную причину примерно у 15% детей с РАС. Однако это не значит, что в остальных случаях причина не генетическая – тестирование просто могло не выявить ее. Вариации в более чем 200 генах, предположительно, могут стать причиной аутизма. Генетические мутации, связанные с высоким риском аутизма, могут быть «мутациями первого поколения», другими словами, их может не быть у обоих родителей ребенка. Такие спонтанные мутации могут быть причиной аутизма примерно в половине случаев. На сегодняшний день наука не готова исчерпывающе ответить, как возникает аутизм. Этиология происхождения этого отклонения весьма туманна. Ученые делают выводы преимущественно по косвенным признакам. Так, существует два класса теорий, объясняющих механизм его развития. Одни гипотезы предлагают рассматривать аутизм как генетически обусловленное заболевание, в то время как другие усматривают причины возникновения дефекта в отклонениях формирования пло