Аптекарский огород ведёт свою историю с 1706 года во время правления Петра I, который и заложил этот огород на Севере окраины Москвы(сейчас в Мещанском районе, метро Сухаревская) для выращивания и снабжения Лефортовского госпиталя целебными травами. Первоначально огород служил только для выращивания трав, но потом туда начали завозить диковинные деревья и необычные кустарниковые растения. Собственником огорода сначала был Аптекарский приказ, потом Московский госпиталь и Московская медико-хирургическая академия. Только 1 апреля 1805 года собственником Аптекарского огорода стал МГУ .Университет заплатил огромные по тем временам деньги — 11 тысяч рублей серебром. Сделку одобрил сам Александр I. Инициатором её был попечитель Московского университета сенатор Михаил Никитич Муравьёв.
Первым директором огорода был выпускник Лейпцигского университета Трауготт Гербер. В саду обычно проводились практические занятия для студентов факультета ботаники. Согласно легенде, при основании сада сам Петр посадил три хвойных дерева: ель, пихту и лиственницу «для обучения граждан их различиям». Из этих деревьев лиственница дожила до наших дней. В начале XX века крона лиственницы была повреждена молнией, и с тех пор ее рост значительно замедлился. Недавно ее почтенный возраст был подтвержден с помощью возрастного бура.
Огород подвергался историческим пыткам. Так, в 1812 году во время Московского пожара выгорела большая часть парка. После этого возникали мысли о ликвидации сада, создававшего финансовые трудности для университетского бюджета, неоднократно возникали у ответственных лиц. Однако был найден компромисс, устроивший всех: часть территории была продана под частный садовый питомник. Это стало единственным случаем в истории сада, когда его площадь была сокращена. На полученные средства было восстановлено хозяйство.
К началу XX века в путеводителях по Москве отмечалось, что данный сад обладает одной из крупнейших коллекций редких растений в мире, причем возраст некоторых особенно ценных экземпляров, таких как Ива белая, достигает 250 лет. В настоящее время в Аптекарском огороде проводятся разнообразные тематические выставки растений, фестивали цветов, а также лекции и мастер-классы по ботанике для жителей города.