Сотрудники ФГБНУ ВНИИСБ разработали новый подход, который позволяет обнаруживать структурные варианты, содержащие мобильные элементы, включая индивидуальные инсерции.
Мобильные элементы составляют значительную часть генома растений и являются движущей силой эволюции и адаптации растений. Поэтому поиск инсерций мобильных элементов в геномах растений – это актуальная задача. Длинные риды нанопорового секвенирования - отличный инструмент для обнаружения новых активных мобильных элементов. Однако, не было готовых подходов для детекции инсерций мобильных элементов из наборов данных нанопорового секвенирования с низким покрытием.
Сотрудники ФГБНУ ВНИИСБ разработали новый подход, nanotei, который позволяет обнаруживать структурные варианты, содержащие мобильные элементы, включая индивидуальные инсерции. Ученые использовали nanotei для идентификации инсерций мобильных элементов в геноме Arabidopsis thaliana. Используя nanotei, сотрудники ФГБНУ ВНИИСБ идентифицировали десятки копий мобильных элементов, скрытых в пробелах геномной сборки A. thaliana. Также был исследован мобилом мутанта ddm1 с повышенной активностью мобильных элементов. Nanotei идентифицировал все активные мобильные элементы, о которых ранее было известно, что они активны в ddm1. Кроме этого, nanotei детектировал транспозицию неавтономных мобильных элементов. Эти результаты являются первым прямым доказательством того, что неавтономные мобильные элементы могут мобилизоваться в геноме растений.
Таким образом, nanotei – новый инструмент для идентификации активных мобильных элементов и их вставок в геноме растений с использованием данных нанопорового секвенирования с низким покрытием генома.
Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (грант №20-34-70032).
Подробнее: https://www.mdpi.com/2223-7747/10/12/2681/htm
#наука #биология #исследование #растения #генетика #биотехнологии #ВНИИСБ #вниисб #MDPI #РФФИ