В середине 50х годов прошлого века, над территорией СССР стали появляться высотные разведчики Lockheed U-2. На тот момент перехватить эти машины, выполнявшие разведполеты на высотах более 20 км, фактически было нечем. Количество ЗРК на тот момент было явно недостаточным, а перспективный перехватчик Су-9, еще только начинал свою летную карьеру. Одним из проектов для борьбы с высотными разведчиками стал самолет Е-50, разработанный на базе опытного истребителя Е-2А. Высотности Е-2 было явно недостаточно и было принято решение установить на самолет дополнительный жидкостный ракетный двигатель типа С-155 в дополнение к штатному ТРД РД-9.
Фюзеляж самолета пришлось удлинить для размещения дополнительных топливных баков а в основании киля, появился отсек для размещения ЖРД. Топливом для которого служил керосин и азотная кислота, что потребовало проведения значительных работ по защите элементов конструкции от воздействия весьма агрессивной кислоты. Так же для работы турбонасосного агрегата ЖРД использовалась перекись водорода. В остальном, планер имел большое количество деталей с практически освоенным Е-2 и больших проблем не должно было возникнуть, но суровая реальность внесла свои весьма жёсткие коррективы. 9 января 1956 г. первый опытный Е-50 выполнил первый полёт под управлением летчика-испытателя В.Мухина. Всего было построено 3 опытных экземпляра Е-50. Испытания нового самолета шли очень трудно и к сожалению сопровождались авариями и катастрофой. Интересной доработкой стало появление металлического фонаря кабины с круглыми иллюминаторами. Это решение позволило с одной стороны решить проблемы с высокими температурами нагрева фонаря при выходе на скорости за 2000км/ч, а с другой сильно усложнило пилотирование летчикам. 14 июля 1956 года, в очередном испытательном полете возникли неполадки в двигателе, сработала сигнализация пожара в двигателе и самолет при посадке не долетел до ВПП и потерпел аварию. Восстановлению он уже не подлежал, а с момента выкатки из цеха, Е-50-1 налетал чуть более 5 часов. В очень сжатые сроки был выведен на испытания самолет Е-50-2, испытания которого вел летчик-испытатель В.Васин. Второй экземпляр имел изменённую хвостовую часть и увеличенную площадь руля направления. А вот результаты полученные на испытаниях , для того времени можно назвать весьма высокими. 17 июня 1957 года с работающим ЖРД самолет достиг высоты 25560 м. А максимальная скорость, которую смог развить Е-50 с использованием ЖРД составила 2460 км/ч. В скором времени на испытания вышел и третий опытный Е-50, который имел уже полный комплекс авиационного вооружения из пары авиационных пушек НР-30, самолет так же получил и прицельное оборудование. Судьба третей машины оказалась самой трагической. 8 августа 1957 года во время испытательного полета, который проводил военный летчик-испытатель НИИ ВВС Н.А.Коровин произошел взрыв силовой установки в воздухе, летчик привел в действие катапультное кресло, которое сработало, а вот дальше произошел отказ системы отделения летчика от кресла и парашют не раскрылся...
При этом 6 сентября 1956 года был издан приказ о запуске Е-50 в серийное производство на Горьковском Авиационном заводе, серией в количестве 30 шт, под обозначением Е-50А. Первый Е-50А построенный в Горьком, получил новый двигатель АМ-11 и иное размещение баков для ЖРД. Машина шла очень тяжело и в 1959 году было принято решение о закрытии программы Е-50А и направлении усилий на доводке перспективного МиГ-21 с треугольным крылом. К сожалению, до нашего времени ни один из этих самолетов не сохранился.