В программе 1С:Бухгалтерия, начиная с версии 3.0.147.30, добавлено выделение суммы НДС по операциям налогового агента в помощнике расчета НДС. Сумма указывается по данным декларации.
В расчете суммы единого налогового платежа этот НДС не выделяется, учитывается в общей сумме НДС.