Параллельно страстному роману царица и диктатор боролись за единоличную власть: Клеопатра избавлялась от своих родственников, Цезарь — от Помпея и его сторонников. После победы над своими противниками влюблённые отправились в пышный круиз по Нилу, а через некоторое время у египтянки и римлянина родился сын — Птолемей Цезарь.
Египет находился под протекторатом республики, но правили в нём представители греческой династии Птолемеев. После проигранной при Фарсале битве Помпей отправился в Египет, надеясь получить поддержку местного наместника Рима — царя Птолемея XIII. Вслед за своим противником погнался Юлий Цезарь с небольшим военным отрядом. В это время в царстве шла гражданская война: 18-летняя Клеопатра VII, объявленная покойным отцом соправительницей младшего брата (мальчику было 9 лет), в 49 году до н. э. бежала в Сирию, где собрала наёмное войско. Царица хотела отстранить от власти мужа Птолемея XIII (Птолемеи переняли египетскую традицию брака между сестрой и братом) и править самостоятельно.
Помпей, однако, оказался обманут египетским царём, желавшим угодить Цезарю: по приказу его советников Птолемея XIII римский политик был убит при переправе на лодке в лагерь царя. Его отсечённая голова была преподнесена прибывшему диктатору в знак лояльности. В Александрии Цезарь объявил себя арбитром в споре о престолонаследии. Клеопатре, стоявшей во главе армии на границе с Египтом, римлянин приказал явиться в столицу. Цезарь решил сделать ставку на молодую царицу, которая могла стать его марионеткой.
Цезарь объявил Птолемея XIII и Клеопатру VII равными правителями. Его решение соответствовало завещанию их отца Птолемея XII.
Птолемей XIII, фактически удерживаемый Цезарем, с таким решением не согласился: новость о римском самоуправстве достигла горожан, вступившихся за фараона. Сторонники Птолемея, ждавшие столкновения с войсками Клеопатры, двинулась на Александрию. Цезарь со своей пассией оказались в сложном положении. В ожидании подкрепления пришлось отпустить Птолемея XIII и его старшую сестру Арсиною, которой диктатор передал Кипр. Однако уличные беспорядки не прекратились.
Птолемей утонул в Ниле при отступлении. Клеопатра VII, согласно традиции, взяла себе в соправители и мужья другого младшего брата — Птолемея XIV, однако вся власть теперь находилась в её руках.
Всё это неспокойное время Цезарь и Клеопатра, запертые в царском квартале, придавались веселью и пирам, наблюдали роскошные фейерверки и театральные постановки. После победы торжества стали ещё пышнее: влюблённые отправились в триумфальный круиз по Нилу в сопровождении огромной свиты и слуг, разместившихся на 400 кораблях. Однако Цезарю нужно было возвращаться в Рим.
Вскоре после отъезда любовника Клеопатра родила сына, прозванного Цезарионом. Установить точное отцовство ребёнка невозможно, но всё указывает на то, что он был сыном Цезаря.
В 46 году до н. э. Цезарь вызвал царицу Египта в Рим, чтобы заключить официальный союз между республикой и подвластной ему монархией. Истинная цель была более прозаичной — любовникам нужно было воссоединиться. Клеопатра, возможно, рассчитывала на упрочнение своего положения путем признания их сына наследником Цезаря.
Царица поселилась в роскошной вилле Цезаря на берегу Тибра и стала принимать у себя важных господ, укрепляя тем самым свой авторитет. Римляне хотели посмотреть на экзотическую, заморскую царицу, охмурившую всесильного Цезаря. Ходили слухи о том, что он готовится жениться на Клеопатре, сделать её второй женой, а затем, когда станет царем, объявить её царицей Рима, а их сына — наследником государства.
В марте 44 года до н. э. Юлий Цезарь был убит на собрании Сената. Амбициозные планы Клеопатры рухнули, оставаться в логове мятежников стало небезопасно. Пробыв в Риме почти два года, через несколько недель после смерти любовника она сбежала в Александрию. Вскоре после возвращения её брат Птолемей XIV умер. Современники утверждали, что царь был отравлен.
Судьба Цезариона оказалась не менее трагичной, чем его родителей. После кончины матери он доверился своему советнику и решил, что Октавиан Август позволит ему править Египтом. Однако приёмный сын Цезаря отдал приказ убить плод легендарной связи диктатора и царицы.
