При российском императоре Александре III был взят курс на продолжение экспансии в Средней Азии, главной целью которой должен был стать город Мерв. Члены туркменской делегации, находясь в Москве на коронации императора, заявили о желании принять российское подданство. Вероятно, Россия рассчитывала на то, что Англия в это время вынуждена вести военные действия против повстанцев на территории Судана и Египта, и не сможет активно отреагировать на угрозу в Средней Азии. Присяга новых подданных императора состоялась в феврале 1884 года.
Реакция на это событие в Великобритании была весьма эмоциональной. Хотя стоит учитывать, что наибольшую обеспокоенность высказали представители консервативной оппозиции правительству У. Гладстона. Премьер-министру указывали на то, что теперь престиж Великобритании в её индийских владениях и вообще в Азии неизбежно упадёт, англичане столкнутся с провокациями восстаний в своих колониях. Наибольшие опасения в Англии вызывало то, что русские войска оказались близко к афганскому городу Герат, который приобрел для Великобритании значение ключа от Индии.
Великобритания рассчитывала на то, что сможет ответить на русскую экспансию руками афганского эмира. Абдур Рахман должен был оккупировать несколько небольших княжеств на территории южного Памира. Также афганские войска заняли туркменский оазис Пенде, который открывал путь на Герат. Эмир получил в 1885 г. максимальную денежную помощь от Великобритании, также английское правительство готово было за своё счёт модернизировать укрепления Герата.
Россия в этой ситуации согласилась на создание специальной комиссии, которая должна была уточнить границы между империей и Афганистаном, который на тот момент находился под британским протекторатом. Великобритания считала необходимым перенести эту линию русско-афганской границы как можно дальше на север, чтобы снизить угрозу Герату и всем своим индийским владениям. В России многие современники полагали, что уступки, на которые правительство готово было пойти по отношению к Англии, были весьма велики. Это было сделано
«чтобы уничтожить последнюю тень подозрения у Англии в агрессивности наших намерений относительно Индии».
В Англии в ситуации постепенного нарастания напряжённости также часть элиты настроена была на поиск компромисса с Россией. Член Парламента У. Бакстер высказывал мнение, что все вопросы, связанные с определением границ, которые интересуют Англию и Россию, необходимо решать с помощью международного арбитража. Бакстер полагал, что с русскими вполне можно договориться о тех пределах, за которые они не будут продвигаться, что обеспечит безопасность Британской Индии.
Однако многие представители военной и административной элиты в Великобритании были настроены скорее на продолжение противостояния, даже если оно могло привести к началу войны. Они обращалась к правительству с предложением напрямую запретить России вступать в Мерв. В случае же игнорирования запрета, английские войска должны были занять афганский Герат. Говорилось также о необходимости обеспечить наличие в Индии достаточного количества сил для отражения возможной угрозы со стороны России.
Сторонников более жёсткой позиции хватало и в России, им удалось добиться расположения императора. Александр III одобрил проект, который предусматривал строительство железной дороги от Мерва на юг в сторону Герата. Это позволило бы России контролировать всю северную часть Афганистана. Перспектива выхода русских войск на ближние подступы к Индии становилась реальностью. На совещании при императоре в декабре 1884 г. была утверждена и схема новой границы. Россия начала активную пропагандистскую кампанию в европейской прессе, в которой делался акцент на добровольный характер вхождения в состав России туркмен из Пендского оазиса. Одновременно с этим на границу были отправлены казачьи сотни, которые теперь находились совсем близко от пикетов афганских войск. Вступление конфликта в его военную фазу становилось практически неизбежным.
Разрастание конфликта заставило английскую королеву Викторию лично обратиться к российскому императору с просьбой о необходимости его непосредственного вмешательства в ситуацию на границе. Русское правительство обещало, что находившиеся у Пендского оазиса войска не будут атаковать противника, если афганцы сами не начнут военные действия. Однако даже это общение на высшем уровне уже ничего не смогло изменить. К 24 марта 1885 г. русские войска под командованием генерала А. В. Комарова фактически окружили Пенд и предъявили афганскому командиру ультиматум. Письмо генерала Комарова к командующему афганскими войсками в Гератской провинции сохранилось и было потом передано британскому вице-королю в Индии. Афганские войска должны были в срок 5 дней оставить позиции, в противном случае они буду очищены силой. Вероятно, что решение отвергнуть ультиматум и оказать сопротивление было принято под влиянием тех английских военных советников, которые находились при афганской армии. Русский отряд насчитывал примерно полторы тысячи человек. Афганское войско превосходило его по численности в 3 раза.
Русские войска начали наступление 30 марта 1885 г., при этом было приказано не открывать огонь первыми. После того как афганцы начали стрелять по наступавшим, был открыт ответный огонь, началось сражение вошедшее в историю как битва при Кушке или Таш-Кепринское сражение. Афганская кавалерия не выдержала прицельного огня русской пехоты и быстро начала отступать. Эффективно проявили себя в бою спешенные казаки. Пешее войско афганцев сражалось более упорно. Это объяснялось тем, что афганцы заранее сумели оборудовать оборонительные позиции для пехотинцев и артиллерии. Только к утру их удалось оттеснить за мост. Русские захватили всю немногочисленную афганскую артиллерию из 8 орудий. В своём донесении о победе генерал А. В. Комаров указывал, что принял решение о начале сражения «для поддержания чести и достоинства России».
Русские и английские сведения расходились относительно потерь в сражении. Согласно русским данным, потери афганцев достигали убитыми и ранеными почти 500 человек. Тогда как российские части потеряли лишь 9 человек убитыми. Англичане говорили о том, что потери обеих сторон были примерно равны – по 250 человек. Впрочем, соотношение потерь в любом случае не влияло на тот факт, что позиция осталась за русской армией, и это весьма встревожило Великобританию.
Английское правительство выступило с решительным протестом, в котором осудило агрессию на юге Туркмении. Акцент при этом делался, что русское нападение произошло в тот момент, когда продолжалась работа совместной комиссии по демаркации границы. В Англии были отмечены панические и одновременно агрессивные настроения. Фондовый рынок лихорадило, в столице появились расклеенные афиши, которые сообщали о том, что военные действия против России уже начались. Командующий английской армией герцог Джон Кембриджский в своих воспоминаниях о первых неделях после битвы при Кушке писал, что не представлял, каким образом можно будет избежать войны.
Премьер-министр У. Гладстон на заседании Парламента попросил о выделении правительству дополнительных 11 млн. фунтов на военные нужды. Флот и Военное министерство получили распоряжение о проведении необходимой подготовки к мобилизации. Подобные меры нашли поддержку у большинства населения. В Англии началась новая волна джингоизма, зародившегося во времена минувшей русско-турецкой войны. Наблюдалось стремление заявить о том, что Англия всеми силами будет защищать свои национальные интересы. Вновь начала казаться актуальной идея создания широкой европейской коалиции против России, даже с учётом того, что со многими странами континента отношения у Великобритании были не самыми добрососедскими.
В России битву при Кушке восприняли как значимую победу, причём не столько как урон афганцам, а именно как нанесение удара по английским интересам в Азии. По воспоминаниям князя Мещёрского, император Александр III заявлял о том, что он готов употребить на возможную войну с Англией свои личные средства, если не хватит денег в бюджете. Что касается перспектив создания антирусской коалиции, то она, видимо, не представлялась русскому царю столь уж реалистичной. По крайней мере, германский император Вильгельм I поздравил Россию с победой при Кушке, понимая, что подобный жест будет расценен Великобританией как откровенно недружеский.
В России предпринимались необходимые меры, учитывавшие возможность войны. Было запланировано минирование Владивостокской бухты для защиты русского флота. Впрочем, этот шаг можно рассматривать как своеобразный ответ на подобное решение Великобритании относительно Гонконга. Актуальными стали вопросы возможной координации действий армии и флота. П. С. Ванновский, который занимал пост военного министра, в апреле 1885 г. уточнял возможность переброски дополнительных контингентов русских войск в Среднюю Азию на кораблях Каспийской флотилии. В России понимали, что русский флот не может конкурировать с британским в открытых сражениях, поэтому ставку предполагалось сделать на крейсерскую войну, то есть на прерывание коммуникаций между Англией и её колониями и доминионами. Предполагалось, затруднить сообщение с Канадой, Индией, Китаем.
В Великобритании также разрабатывались различные проекты противостояния России. Правительству предлагали разорвать дипломатические отношения с Санкт-Петербургом и отозвать из русской столицы посла. Планировалось привлечь на свою сторону персидского шаха, который должен был заявить России протест по поводу захвата земель туркмен. Ещё один азиатский правитель эмир Афганистана должен был, в соответствии с этими планами, призвать всех мусульман к священной войне для освобождения Туркестана от неверных. Считалось необходимым также перебросить значительную часть английских войск из Египта, чтобы они могли быть использованы против России.
Английские дипломаты рассчитывали добиться от Турции согласия на пропуск в Чёрное море британского флота. Это позволило бы совершить десант на кавказском побережье и создать угрозу Севастополю и Одессе. При этом стоит учитывать, что хотя к тому времени Россия и начала строительство черноморского флота, который превосходил бы турецкий, эта программа к 1885 г. была далека от завершения. Однако в данном случае успешно выступили российские дипломаты. Им удалось оказать давление на Османскую империю, в том числе и опираясь на поддержку Германии и Австро-Венгрии в рамках «Союза трёх императоров». Султан отказал в открытии проливов для английского флота. Для того чтобы несколько уменьшить угрозу действий англичан со стороны Балтики, были проведены переговоры о нейтралитете со Швецией и Данией.
Однако даже во время апогея конфликта и антирусских настроений в Англии не исчезли политики, которые полагали, что Россия не претендует на вторжение в Индию. Официальная позиция заключалась в том, что необходимо возобновить работу комиссии по афганско-российской границе, что позволило бы избежать дальнейшей эскалации конфликта. Консерваторы могли критиковать либеральный правительственный кабинет за проявление слабости. Однако когда было сформировано правительство консерваторов, то его позиция также оказалась далёкой от стремления решить все проблемы путём начала войны.
Во многом подобные настроения распространились и в российской правящей элите. Вполне вероятно, что необходимость поиска компромисса для Великобритании и России стала очевидной на фоне достаточно сложной дипломатической обстановке в Европе. Обе страны не были уверены в том, что в случае начла войны они могут рассчитывать на помощь других держав или хотя бы благожелательный нейтралитет. Англия продолжала придерживаться политики «блестящей изоляции», которая во многом себя оправдывала, но не могла не породить неуверенности в ситуации перспективы прямого конфликта с одной из мировых держав. В Англии всё больше начинали опасаться не столько России, а наращивающей могущество Германии. Не стоило сбрасывать со счетов и Францию, с которой у Великобритании оставалось много спорных вопросов в разделе существующих и будущих колониальных владений. Россия, в свою очередь, также не могла быть уверена в том, что она будет поддержана Германией и Австро-Венгрией, тем более Францией. Ведь активное начало франко-русского сближения произойдёт лишь спустя несколько лет.
В сентябре 1885 г. была возобновлена работа пограничной комиссии, что позволило достаточно быстро подписать Лондонский протокол. В нём были закреплены основные пограничные линии между Россией и Афганистаном, хотя демаркация на отдельных участках могла продолжаться ещё несколько лет. Окончательный протокол был подписан в Санкт-Петербурге в июле 1887 года. Оазис Пенде, чьи жители обращались с просьбой о приятии их в российское подданство, отошёл к России. Однако Зульфикарский проход, который обеспечивал выход в центральные районы Афганистана, остался под контролем эмира Абдур Рахмана. Границей русской и английской сфер влияния становилась река Амударья. Примечательно, что многие сведения, которые могли рассматриваться как повод для усугубления конфликта, подверглись цензуре и небыли приведены полностью в официальных документах при их публикации в России. Очевидно, что русское правительство стремилось избегать возможности нового обострения отношений.
