Основной службой для М. П. Боткина можно назвать работу в Императорской Академии художеств. В 1863 году он стал академиком, в 1879 году сверхштатным членом Совета академии, в 1893 году действительным членом Совета академии, а в 1912 году – почётным членом Императорской Академии художеств.
Одним из самых значимых результатов службы была работа распорядителем Московской художественно-промышленной выставки в 1882 году и издание её каталога.
В 1900–1914 годах М. П. Боткин был директором Художественно-промышленного музея имени Д. В. Григоровича Императорского Общества поощрения художеств (ИОПХ).
Также Михаил Петрович занимал ряд должностей в археологических обществах: в 1869 году он стал членом Германского Археологического института в Риме, в 1881 году – действительным членом Императорского Русского археологического общества, с 1888 года – членом Императорской Археологической комиссии.
В 1896 году М. П. Боткин был избран в члены совета Центрального училища технического рисования барона А. Л. Штиглица. Михаил Петрович также стоял у начала Русского музея, тогда называвшегося Русским музеем имени Императора Александра III, будучи членом комиссии по переустройству Михайловского дворца под музей и членом комиссии по отбору произведений.
Достаточно широка была общественная деятельность М. П. Боткина: с 1885 по 1904 год он был гласным Санкт-Петербургской Городской Думы. Занимая эту должность, Михаил Петрович состоял членом двух комиссий: больничной и по народному образованию, также избирался почётным мировым судьёй.
В семейной чаеторговой фирме «Петра Боткина сыновья» он был пайщиком товарищества и членом ревизионной комиссии.
Во втором семейном предприятии – Товариществе Ново-Таволжанского свеклосахарного завода Боткиных – Михаил Петрович также принимал участие».
Цит. по: https://roerich.spb.ru/page/mihail_petrovich_botkin