В марте 2000 года Постановлением правительства РФ большой группе специалистов Ленинградской АЭС и их коллегам-ученым за разработку и реализацию мероприятий по повышению безопасности энергоблоков ЛАЭС была присуждена премия в области науки и техники за 1999 г.
Лауреатами премии стали директор станции Лебедев В. И., начальники цехов Ананьев А. Н., Ковалев С. М., Венкин В. А., главный инженер Гарусов Ю. В., его заместитель Павлов М. А., заместитель директора Карраск М. П., начальник патентно-лицензионного отдела Шмаков Л. В., а также ряд ученых других организаций. Посмертно звание лауреата премии правительства РФ было присуждено бывшему начальнику цеха наладки и испытаний ЛАЭС Белянину Л. А.
10 апреля 2000 года министр РФ по атомной энергии Е. Адамов и глава муниципального образования В. Некрасов подписали соглашение о сотрудничестве, цель которого заключалась в объединении усилий сторон для реализации федеральных целевых программ, государственным заказчиком которых является Минатом, и проектов, обеспечивающих развитие предприятий атомной энергетики и промышленности и связанных с ними отраслей на территории муниципального образования «Город Сосновый Бор», а также его социальной инфраструктуры.
В июле 2000 года Министерство торговли РФ впервые в истории атомной энергетики страны выдало Ленинградской АЭС лицензию на право экспорта ее товарной продукции: радиоактивных элементов, изотопов, соединений, закрытых радионуклидных источников на основе кобальта-60.
В июле 2000 года Указом президента РФ №1383 за большой вклад в развитие атомной энергетики и многолетний добросовестный труд государственных наград были удостоены работники ЛАЭС: Ордена Почета – Кучумов Н. Н. (оператор), медали ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени Баин А. В. (начальник участка), Бардов В. Ю. (электрослесарь), Иконников Л. Г. (технолог), Карпов Н. А. (оператор), Кириллов В.В.(оператор), Кочерин А. В. (слесарь), Малинин А. И. (электромонтер), Строганов Л. И. (машинист паровых турбин).
В августе 2000 года Указом президента РФ №1440 за большой вклад в развитие атомной отрасли и многолетний добросовестный труд государственные награды были вручены работникам ЛАЭС: Орден Почета – Козлову Е. П. (начальник отдела) и Скорописову Ю. В. (зам. начальника цеха); медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени - Захаржевскому Ю. О., (начальник отдела) и Усову В. С. (зам. начальника цеха).
31 августа 2000 года Ленинградская АЭС подала в арбитражный суд Санкт-Петербурга иск к ОАО «Ленэнерго» в связи с образовавшейся задолженностью 850 миллионов рублей
акционерного общества за отпущенную им электроэнергию.
1 октября 2000 года на должность главного инженера Ленинградской АЭС был назначен Черников Олег Георгиевич.
5 ноября 2000 года ввиду систематических нарушений со стороны энергосистем заключенных с ЛАЭС договоров и платежных обязательств, а также критического положения с реконструкцией блока №4 руководство атомной станции направило телеграммы полномочному представителю президента РФ Черкесову В. В., министру по атомной энергии Адамову Е. О., губернатору Ленинградской области Сердюкову В. П., председателю правления РАО «ЕЭС Россия» Чубайсу А. Б. о том, что в создавшихся условиях Ленинградская АЭС вынуждена приступить к разгрузке энергоблоков до уровня реальной оплаты за отпущенную электроэнергию (с начала года за отпуск электроэнергии было заплачено всего лишь за пять месяцев. На 31 октября 2000 года задолженность за поставленную электроэнергию составляла 1994,7 млн рублей).
9 ноября 2000 года в 00 час. 00 мин. Ленинградская АЭС из-за неуплаты поставленной электроэнергии начала разгрузку энергоблоков до уровня 70% номинальной мощности. На 8.00 мск времени мощность блока №1 была снижена до 800 МВт, а к 13.00 достигла уровня 700 МВт. Диспетчерское управление Северо-Запада выразило категорическое несогласие с действиями ЛАЭС.
В феврале 2001 года Ленинградскую атомную станцию посетила большая группа российских и иностранных гостей. Интерес для них представляли результаты многолетнего международного сотрудничества ЛАЭС, у которой имеются договорные отношения со многими державами мира.
Германия, США, Япония, Франция, Испания, скандинавские страны оказывали российским атомщикам безвозмездную техническую помощь, направленную, в первую очередь, на повышение уровня безопасности эксплуатации ЛАЭС.
Ленинградская АЭС активно сотрудничает с иностранными партнерами с 1992 года. Проект Европейского банка реконструкции и развития претворялся в жизнь с 1995 года. Запад явно был заинтересован в безопасной работе атомных станций России и конкретно – ЛАЭС. Подтверждением тому был выделенный ЕБРР на эти цели грант.