«Подписные издания» открылись в Ленинграде в 1926 году, в магазине оформляли подписки на книги, литературные журналы, многотомные энциклопедии, а также предлагали ассортимент на свободную продажу. Согласно сохранившимся документам о деятельности за 1939 год, уже тогда в «Подписных» проходили встречи с издателями и авторами. До Второй мировой в картотеке подписчиков было 200 тысяч человек, магазин предлагал доставку изданий по почте.
В годы войны дважды были разбомблены здания, где находился магазин, но он продолжал работать даже в блокады Ленинграда с 1945 по 1952 годы директором «Подписных» был Семён Михайлович Рабинович, с 1952-го по 1975-й — Анастасия Леонтьевна Василевская. При ней в 1958 году магазин переехал в Новый Пассаж на Литейном проспекте, 57. «Подписные» были вторым ведущим книжным города. По воспоминаниям современников, в 1970-х и 1980-х очередь за книгами Дюма, Достоевского и Жюля Верна занимали с ночи. Магазин имел звание «Образцовое предприятие торговли» и Красное Знамя от Министерства культуры СССР, а в 1972 — звание «Магазин коммунистического труда».
В 1979 году директором магазина стала Галина Антоновна Ермакова, выпускница ленинградского Книготоргового техникума и Московского Полиграфического университета. Со временем работать в «Подписных» стали и её дочь Алла Иванова с мужем. Тогда в магазине появились отделы букинистики и книгообмена.
В 1992 году коллектив «Подписных» зарегистрировал товарищество с ограниченной ответственностью, а в октябре 1994 выкупил предприятие. В тот период количество подписок на литературу, ранее недоступную для российского читателя, достигало рекордных значений: например, на книги Джона Руэла Толкиева подписались 60 тысяч человек (по другим сведениям — до 150 тыс.), а сборники Иосифа Бродского — 9 тыс. За последующие 20 лет семья Ермаковой и Ивановых выкупила доли остальных сотрудников.
После 2008 года из-за тяжёлой финансовой ситуации магазину пришлось сдать в аренду помещения второго и первого этажей, оставив себе только 80 м² под выдачу книг по подписке.
В 2012 году внук Галины Ермаковой и сын Аллы Ивановой Михаил Иванов решил «перезапустить» магазин, обновив его и полностью изменив концепцию. На тот момент «Подписные» работали в убыток и имели свыше 1 млн рублей долгов перед поставщиками. Под руководством Иванова в магазине сделали ремонт и полностью изменили дизайн и наняли новый персонал, в помещении разместили небольшое кафе и зону для чтения. Средства на перезапуск магазина предоставила его бабушка Галина Ермакова, она осталась владельцем 93 % «Подписных», а юридическое лицо, занимающееся закупкой книг, принадлежит его матери Алле. На момент открытия в 2012-м в магазине было представлено 3500 книжных наименований. За два года каталог магазина расширили до 20 тысяч наименований, параллельно убрав из ассортимента «бульварную» и низкокачественную литературу.
С 2013 года «Подписные» стали выпускать сувениры: открытки, магниты, значки, канцелярские товары. К 2016-му они составили до 20 % ежегодной прибыли.
В 2016 году выручка «Подписных изданий» составила 74,5 млн рублей. В июле 2017-го открылся второй зал, в нём разместили литературу на иностранных языках и дополнительные зоны для чтения. В 2019-м ежедневное число посетителей достигало 1000 человек. С 1 декабря 2020 в магазине заработал второй этаж, благодаря чему общая площадь помещения выросла почти в пять раз. На втором этаже открыли полноразмерное кафе и разместили детскую зону.
К 2021 году в штате магазина работало около 80 человек, а ассортимент книг достиг 30 тысяч: среди них издания по истории, искусству, краеведению, гуманитарным наукам, художественная и детская литература, поэзия. Иванов надеется расширить его до 45 тысяч. В октябре 2021-го открыли новый зал площадью почти 100 м² на первом этаже, после чего общая площадь магазина достигла 835 м².
За 10 лет после «перезапуска» магазин стал важным культурным центром города, сформировав собственную аудиторию и сообщество любителей литературы. С 2014 года в «Подписных» проходят книжные премьеры, лекции и встречи с писателями. Сотрудники магазина ведут аккаунт «Подписных» в Instagram, где публикуют краткие описания и аннотации к книгам в сопровождении собственных фотоснимков и видео, выкладывают новости и ведут тематические проекты. К началу 2021 года на аккаунт магазина были подписаны свыше 212 тыс. человек.
В конце апреля 2022 года магазин начал сбор букинистических изданий, чтобы создать для них специализированный отдел. 23 января 2023 года «Подписные» официально сообщили о новом расширении. Осенью 2022-го закрылся магазин «Академкнига», проработавший по соседству, на Литейном, 57, более 80 лет. После выезда книжного его помещение выставили на торги. Узнав о закрытии «Академкниги», представители «Подписных» поставили себе целью не допустить, чтобы в «пространстве исторического книжного, много лет бывшего нашим соседом, открылся очередной ночной клуб, ресторан или стрип-бар». На аукционе в конце 2022-го им удалось выкупить помещение. Планируется, что его займёт букинистический отдел.