Главный врач Борис Михайлович Добротин (1901-1950г.) и многие сотрудники больницы уходят добровольцами на фронт.
Б.М. Добротин 1942г.
В июле 1941 сотрудники больницы были переведены на казарменное положение.
В январе 1942 на 1-м этаже больницы развернуто отделение лечения алиментарной дистрофии для сотрудников и членов их семей.
В ночь с 4 на 5 апреля 1942 года на территорию больницы упали 2 фугасные бомбы, разрушившие два крыла больницы. В результате бомбежки из 1300 коек больницы из строя было выведено 600.
Из воспоминаний доктора А.С. Левиной:
"На территорию больницы упали три фугасные бомбы. И самое страшное, это было в ночь под Пасху 1942 года, было 4 апреля, по-моему. Одна бомба пробила, если со стороны Мойки, правое крыло, упала на крышу, пробив несколько этажей. Внизу была аптека, там, видимо, стояли горючие, воспламеняющиеся средства — возник пожар. А второй флигель — слева, бомба упала в метре от стены, которая смотрела на реку Пряжку. И эта стена, непробиваемая снарядами, потому что в прошлом тюрьма строилась очень надежно, снаряды не пробивали эти стены, а когда упала бомба, то все стены обрушились и погребли под себя людей, причем не душевнобольных. Тогда в этом отсеке, в первом этаже было открыто отделение для дистрофиков, стационар, и сотрудники там лежали, и родственники сотрудников......это был ад кромешный".
В июле 1942 года главным врачом назначен М. Я. Ляховицкий, который отстоял предполагавшуюся к закрытию больницу и добился расширения штата.
Несмотря на тяготы войны и блокады, оставшиеся врачи, медсестры и санитары продолжают оказывать помощь душевнобольным под руководством Т.Я. Хвиливицкого, М.Я. Ляховицкого. Поразительно, но даже в этих условиях сотрудниками больницы велась научная работа. Проводились еженедельные конференции врачей, на которых обсуждались результаты научных исследований сотрудников, докладывались рефераты публикаций, проходили клинические разборы больных.
