У царя были планы по выходу к незамерзающим портам Жёлтого моря что вызывало острое беспокойство конкурентов на Западе. В самой России имелась влиятельная группа противников азиатской программы, которую негласно возглавлял С.Ю. Витте. Во влиятельных европейских и американских финансовых кругах склонялись к мнению, что Россию надо остановить. Лучшим решением стала бы замена Императора Николая II на марионеточного монарха. В.М. Вонлярлярский утверждал, что Витте готовил государственный переворот и с этой целью «старался дискредитировать Самодержавие, в надежде очутиться, после переворота, президентом Российских соединённых штатов и ненавидел Государя». 17 сентября 1900 г. Государь уехал с Семьей в Ливадию. По приезде в Ливадию Императрица Александра Феодоровна плохо себя почувствовала и не покидала постели. Это было вызвано тем, что она ждала ребёнка. В августе 1900 г. С.Ю. Витте отправился на Парижскую Всемирную выставку и по дороге посетил Копенгаген, якобы по просьбе Вдовствующей Императрицы.
Но Мария Феодоровна его не приглашала. «Было очень странно видеть его здесь», — писала она Великой Княгине Ксении Александровне. В датской столице Витте встретился с королём Христианом IХ, и тот поинтересовался мнением министра о Великом Князе Михаиле Александровиче. Витте выразил уверенность, что «Император Николай есть сын своей матери и по своему характеру, и по натуре, а Михаил Александрович есть больше сын своего отца.» Витте сказал королю неправду: Великий Князь Михаил Александрович обладал слабой волей и легко поддавался чужим влияниям. Нельзя не согласиться с Я.А. Ткаченко, который утверждает: «Ещё до приезда в Крым и болезни Царя, в августе 1900 г., С.Ю. Витте что-то затевал. Есть основания верить министру юстиции Н.В. Муравьёву, который утверждал, что “готов подозревать в голове Витте самые коварные и преступные замыслы”, т.к. он “имеет огромное влияние на Михаила и с переменой царствования надеется стать временщиком”». Стремление «заменить» Императора Николая II на Великого Князя Михаила Александровича витало в головах русского «передового» общества с первых дней последнего царствования.
Так, художник А.Н. Бенуа вспоминал, что подруга его матери Е.И. Раевская уже в 1894 г. «не питала никакого доверия ни к Николаю II, ни Царевичу Георгию, напротив, возлагала самые пламенные надежды на Михаила Александровича, считая его истинно русским человеком, и потому именно ожидая от него, что он будет прекрасным правителем. Вообще у Михаила Александровича даже при жизни его брата Георгия была такая “негласная партия”». Данные о заговоре против Николая II имеются у масона М.А. Рейснера, который писал, что в 1900 г. «попробовали объявить Николая II больным и посадить на трон Михаила». Близкий к революционным кругам П. Орлов, эмигрировавший в Канаду, писал, что в 1900 г. была сделана неудачная попытка отравить Императора. Первые симптомы нездоровья появились у Николая II 22 октября. В истории болезни, которую вёл лейб-медик Г.И. Гирш, говорится, что у Императора было отмечено «небольшое расстройство пищеварения». 25 октября 1900 г. Государь почувствовал себя хуже: «Утром гулял нехотя, т.к. чувствовал себя неважно». Великая Княгиня Ксения Александровна писала матери в Данию: «По всем признакам у него инфлюэнца без насморка, кашля или вообще чего-либо в лёгких, но во всём теле и в спине в особенности сильные боли».
29 октября в «Правительственном вестнике» появилось сообщение что у Государя тифа не было. С.Ю. Витте, который с 20 октября находился в Крыму, стал настаивать на немедленном консилиуме. В своих мемуарах Витте утверждал, что им из Санкт-Петербурга был вызван профессор военно-медицинской академии П.М. Попов, который и поставил однозначный диагноз: «Государь Император болен брюшным тифом». Однако согласно сводкам министерства Императорского Двора, диагноз «брюшной тиф, с совершенно благополучным течением» был поставлен Государю 1 ноября 1900 г., а П.М. Попов прибыл в Ливадию только 5 ноября. В дневнике Императора Николая II в записи за 26 октября говорится: «Вчерашнее недомогание не прошло, и я принуждён был остаться в постели. Сначала думали, что у меня инфлюэнца, но через несколько дней доктора решили, что у меня брюшной тиф, которым я проболел до 30 ноября». Далее идёт запись за 30 ноября. Совершенно очевидно, что Николай II вторую часть записи за 26 октября написал уже после выздоровления. Судя по истории болезни, она протекала в достаточно лёгкой форме. 1 ноября состояние здоровья Государя описывается так: «Самочувствие хорошее. Голова свежая; силы вполне удовлетворительны». Такие же сведения характерны и для других бюллетеней. Государь после выздоровления записал в дневнике, что он «перенёс тиф хорошо и всё время ничем не страдал. Не было и дня наверх, и он ужасно страдает».
В пользу тяжёлого хода заболевания говорил и сам внешний вид Царя при выздоровлении: он похудел на 11 кг, был очень слаб и вынужден был учиться ходить по лестнице. В связи с вышеизложенным вполне не столь уж невероятной выглядит версия о том, что Государь не заболел брюшным тифом, а был отравлен. Я.А. Ткаченко замечает: «После того как у Николая II был обнаружен тиф, заразная и опасная болезнь, в Ливадии не было принято никаких мер по дезинфекции, организации правильного ухода за Царём и тщательной его изоляции, чтобы не допустить распространения заболевания». За всё время болезни Государя за ним неотступно ухаживала находящаяся в положении Императрица Александра Феодоровна. Генерал А.Н. Куропаткин отмечал: «Вот уже шестой день Государыня никого кроме врачей не видит сама и не допускает к Государю. Сама спит с ним в одной комнате и ухаживает за ним, дежуря посменно со своей няней. Никаких предосторожностей ни за себя, ни за детей не принимает». Выздоровев, Николай II писал про Жену, что во время болезни она была его «ангелом-хранителем и следила за мной лучше, чем всякая сестра милосердия». Между тем брюшной тиф является весьма заразной болезнью. Государыня, как и врачи, этого не знать не находившийся в полусознательном состоянии Государь мог подписать подсунутую ему заговорщиками бумагу о передаче части дел либо Великому Князю Михаилу Александровичу, либо Комитету министров. Это могло бы стать первым шагом отстранения Николая II от престола.
То, что страхи Императрицы Александры Феодоровны были вовсе не беспочвенны, подтверждается активной деятельностью именно в этом направлении со стороны С.Ю. Витте. Он собрал в Ялте практически весь Кабинет министров. Витте передал В.Б. Фредериксу на подпись документ, в котором предполагалось из-за болезни Государя считать все запланированные министерские доклады на ноябрь 1900 г. Высочайше одобренными. Великий Князь Михаил Николаевич и генерал А.А. Мосолов с трудом убедили Фредерикса не подписывать этот документ. Но 2 ноября Государь, чьё здоровье продолжало быстро ухудшаться, сам дал устное разрешение министрам временно не делать ему докладов. При этом Николай II поручил, чтобы «все важнейшие телеграфные известия доставлялись Государыне Императрице Александре Фёдоровне для прочтения Его Императорским Величеством». А.Н. Куропаткин не без раздражения отмечал в дневнике: «Государыня встала между Государем и делами. В случае важных известий я и Ламздорф посылаем записки на ее имя, а она сама докладывает Государю». 6 ноября состояние здоровья Государя резко ухудшилось, и С.Ю. Витте собрал очередное совещание министров. Накануне он прозондировал их позиции насчёт возможного регентства Великого чудного Государя, Витте, не колеблясь, ответил: Вы правы: пусть лучше стоит Государыня».
Поняв, что Куропаткин его не поддержит, Витте не пригласил генерала на совещание, а принялся обрабатывать других министров. Подлинная цель Витте заключалась в том, чтобы убедить всех в законности и неоспоримости прав Великого Князя Михаила Александровича, которого следует пригласить немедленно в Крым и назначить регентом. В случае смерти Государя, убеждал Витте, Великий Князь Михаил Александрович должен вступить на престол. Но возникал вопрос: что делать, если после этого у Государыни родится мальчик? В этом случае именно он должен был наследовать престол, а правительницей государства стать Императрица Александра Феодоровна. Но это было бы уже невозможно, так как трон занял бы Великий Князь Михаил Александрович. С.Ю. Витте заявил, что в истории не существует прецедента, ссылаясь на который можно было бы позволить Императрице Александре Феодоровне быть правительницей на том основании, что у неё может родиться мальчик, и категорически настаивал на воцарении Михаила Александровича. Однако подобная ситуация была предвидена в манифесте Императора Николая I от 22 августа 1826 г. Тогда было четко разъяснено, что если на момент смерти царствующего Императора его супруга находилась бы в положении, то брат Императора становился бы правителем государства. Если у императрицы затем родится девочка, то правитель вступает министров Великий Князь Михаил Александрович, выехавший накануне экстренно из Дании в Россию, прибыл в Гатчину.
Теперь перед Витте стояла задача убедить Государя в необходимости приезда Наследника в Ливадию. На встрече с Николаем II барон В.Б. Фредерикс спросил, считает ли тот нужным выписать в Ливадию Михаила Александровича, для временного руководства делами? На это Николай II ответил категорическим отказом: «Нет-нет, Миша мне только напутает в делах. Он такой легковерный». Через несколько дней Государь начал выздоравливать. Что происходило в Ливадии осенью 1900 г., точно неизвестно, но через четыре года после болезни Государя, в разгар Русско-японской войны, рейхсканцлер Бюлов говорил кайзеру, что немедленное заключение мира могло бы привести к убийству Императора Николая II и провозглашению регентства Великого Князя Михаила Александровича при деятельном участии Витте, а это, в свою очередь, легко могло бы кончиться превращением монархии в республику.
