Придя на Амур, русские землепроходцы столкнулись с проживавшими там монголоязычными племенами дауров, данников маньчжурской империи Цин, с которыми поначалу не было никаких конфликтов: едва заметив русских, дауры сразу ретировались в тайгу, оставив завоевателям и посевы, и свои укреплённые города. Казаки, обосновавшись на новых землях, сразу принялись за активное их освоение, но тут перед ними возникло препятствие в виде тех же самых дауров, которые, оправившись от первого шока и повинуясь приказам своих маньчжурских хозяев, напали на русских, началась русско-даурская война.
Как уже говорилось выше, первое столкновение русских с даурами оставило в сердцах казаков долю разочарования: дауры, в отличие от своих соседей дючеров, не стали принимать боя, удрав в тайгу, свою роль сыграла тут и политика маньчжур, которым нужны были все силы для завоевания Китая и которым некогда было отвлекаться на проблемы своих северных вассалов. Видя это, дауры оставили свои укреплённые позиции на Амуре, но вскоре выяснилось, что русских на Амуре крайне мало и дауры перешли в контрнаступление. Поначалу они действовали партизанскими методами, сжигали отдельные зимовья и острожки, брали в осаду крупные остроги, вытаптывали посевы, а также оказывали активную помощь маньчжурским войскам, вернувшимся в Приамурье, чтобы показать, кто тут хозяин, только вот результат от таких действий был нулевой, кроме озлобления русских. Поднаторевшие за время странствий по сибирской тайге и схваток с сибирскими племенами казаки на партизанские действия дауров начали отвечать точно такими же партизанскими действиями, нападая на их деревни по обе стороны Амура и захватывая в плен их женщин и детей, которых затем продавали в Иркутске и Нерчинске, а также ведя активную разведку и изучение вновь обретённых территорий, в ходе которой было установлено местонахождение даурской столицы Яксы, в 1651 году взятой русскими штурмом, что стало самым крупным сражением сражением русско-даурской войны. Видя неудачи своих вассалов и сами потерпев от русских ряд поражений, маньчжуры пошли на насильственное переселение приамурских народов вглубь своей территории, наивно рассчитывая, что они уйдут с Амура, но расчёт не оправдался, более того, русские принялись активно осваивать опустевшую долину Амура, в чём им активно помогали те представители тунгуссо-маньчжурских народов, которые избежали маньчжурского переселения.
Несмотря на переселение, конфликт между даурами и русскими не прекратился, перейдя в стадию набегов дауров на русские земли, для чего те стали строить укрепления на Амуре, что спровоцировало вмешательство маньчжур и оборону Албазина 1685-1689 годов. В результате подписания Нерчинского договора 1689 года русские были вынужденны временно уйти с Амура, оставив дауров его полными хозяевами до 1858 года, когда Амур вновь отошел к России.
